На какое-то время разговоры об использовании Амура затихли. Но через три десятилетия возобновились. Так, в 1789 году об этом писал Г.А. Сарычев, помощник начальника экспедиции по изучению северных районов Тихого океана, капитана 1 ранга И.И. Биллингса. Спустя тринадцать лет он опубликовал книгу «Путешествие флота капитана Сарычева по северо-восточной части Сибири, Ледовитому морю и Восточному океану...», в которой высказал те же идеи, находившие отклик и в правительственных сферах. 20 июля 1802 года император Александр I назначил главного распорядителя Российско-американской компании, камергера Н.П. Резанова послом в Японию. Посольству предстояло отправиться к месту назначения на судах кругосветной экспедиции под руководством капитан-лейтенанта И.Ф. Крузенштерна, шлюпах «Надежда» и «Нева», принадлежавших Российско-американской компании. По первоначальному проекту, разработанному Крузенштерном, экспедиция должна была определить возможность морского сообщения между Кронштадтом и российскими портами Тихого океана, а также завязать торговлю со Страной восходящего солнца. Однако в инструкцию посольству Резанова, утвержденную 20 февраля 1803 года, помимо предписания установить дипломатические отношения и снять запрет с торговли, вошло ещё и поручение собрать сведения об острове Сахалине и устье Амура.
27 июля 1803 года корабли экспедиции покинули Кронштадт и летом следующего года достигли Гавайских островов. Там пути шлюпов разошлись. Крузенштерн повёл «Надежду», с посольством на борту, к берегам Японии, а капитан-лейтенант Ю.Ф. Лисянский на «Неве» взял курс на Аляску. Спустя несколько недель, «Нева» подошла к берегам острова Ситха, где команде шлюпа пришлось сразиться с ополчением враждебных индейцев тлинкитов. Разгромив его, моряки восстановили сожженную индейцами два года назад крепостицу, назвав её Новоархангельской. «Надежда» же в сентябре бросила якорь в Нагасакской бухте. Передав пожелания российского правительства, Резанов более шести месяцев дожидался ответа, но в итоге получил отказ. В апреле 1805 года посольство покинуло Японию, а в мае Крузенштерн приступил к обследованию Сахалина и вошёл с севера в Татарский пролив. Надо полагать, над командиром «Надежды» довлело мнение авторитетных предшественников, француза Ж.Ф. Лаперуза, в 1787 году измерившего глубины в южной части пролива, и англичанина У.Р. Броутона, повторившего его промеры в 1797-м. Оба мореплавателя сделали вывод, что постепенное уменьшение глубин к северу свидетельствует о существовании перемычки, связывающей Сахалин с материком, и о недоступности устья Амура для крупных судов. К такому же заключению пришёл и Крузенштерн, хотя его промеры оказались недостаточно тщательными: под влиянием слухов о появлении в амурском лимане сильной китайской речной флотилии, ради сохранения тайны экспедиции, он свернул работы.
Заявлению капитан-лейтенанта, будто Амур не может служить никаким полезным целям, легко было поверить, ведь оно подтверждало отзывы известных иностранных географов. С тех пор Сахалин, показанный на составленной участником Второй Камчатской экспедиции С.П. Крашенинниковым и изданной в 1756 году карте островом, всё чаще изображался как полуостров, а в устье Амура показывался очень мелководный бар. Тем не менее, даже после столь разочаровывающих известий мысль о плавании по реке не угасла. В 1804 году с поручением исходатайствовать на этот предмет разрешение китайского правительства в Пекин был послан сенатор граф Ю.А. Головкин. В задачу его посольства входили переговоры о расширении торговли, повышении статуса духовной миссии в Пекине, подготовка конференции для рассмотрения пограничных вопросов. Однако успеха оно не имело. В октябре 1805 года Головкин прибыл на границу у Кяхты, но пока шла переписка об условиях приема посольства, в китайский порт Кантон (Гуанчжоу) зашли возвращавшиеся на родину «Надежда» и «Нева». Сам факт их появления там и продажа русскими пушнины, как и просьба откочевавших в 1771 году в Китай волжских калмыков разрешить им вернуться обратно, были извращены католическими миссионерами Кантона и Пекина, указывавшими на связь этих событий с посольством Головкина. По их утверждению, Россия намеревалась добиться исключительного права торговли в Кантоне и проведения границы по Амуру. Цинский двор, и без того с подозрением относившийся к северному соседу, внял их инсинуациям. От Головкина, как и от его предшественников, потребовали исполнения обряда «коутоу» — девяти земных поклонов перед алтарем, олицетворявшим императора, тем самым, приравнивая Россию к данническим государствам. Он отказался и не был пропущен в Пекин13
.