8 октября он покинул свой обжитый, привычный дом на улице Старой голубятни, в котором он прожил столько лет, и скрылся у своих друзей. Начиналась новая глава в его биографии — жизнь в подполье.
Некоторое время Марат скрывался в Версале у Лорена Лекуантра, в то время одного из рядовых левых политических деятелей, занимавшего невысокий командный пост в национальной гвардии. Позже Лорен Лекуантр совершит эволюцию и с левых позиций переместится на правые. Он будет одним из участников термидорианского контрреволюционного переворота. Но в октябре 1789 года Лекуантр еще гостеприимно открывал двери своего дома, предоставляя убежище преследуемому журналисту. Затем некоторое время Марат скрывался в Париже.
В ноябре Марат возобновил издание газеты. С 5 ноября «Друг народа» стал вновь выходить в столице. Интерес к газете после вынужденного перерыва в ее издании еще более усилился. «Друг народа» продолжал прежнюю линию смелого обличения тайной политики вожаков, которые, сохраняя еще влияние в массах, стали тормозом для развития революции.
Сила критики Марата была в том, что она была всегда персонифицирована. Марат не вел анонимной, безыменной борьбы, борьбы против неизвестного врага. Он боролся против общественных сил, ставших преградой в развитии революции. Но он всегда умел находить имена, которые наиболее полно представляли эти реакционные силы.
До событий 5–6 октября Марат видел главного врага революции в партии двора. Это было справедливо. Пока аристократическая партия, партия двора, еще рассчитывала на реванш и имела определенные шансы на успех, она представляла наибольшую опасность для революции. Но после событий 5–6 октября, когда абсолютистско-аристократическая партия потерпела поражение и королевский двор был вынужден переехать из Версаля в Париж, партия двора перестала быть непосредственной опасностью. Марат перемещает теперь направление своего огня.
Главный удар в конце 1789 года он направляет против Неккера — первого министра финансов. Он считает его наиболее опасным в данный момент.
Еще в октябре Марат написал памфлет, направленный против первого министра финансов. Однако эта работа, которой он придавал большое значение, не могла найти издателя. Один за другим издатели и владельцы типографий отказывались печатать это сочинение: оно казалось им слишком опасным. Марат рассказывал, что после того, как десять издателей отказались печатать его памфлет против Неккера, он должен был сам стать книгопечатником. В ноябре 1789 года Марат переезжает на улицу Ансьен Комеди, дом № 39, где он создает собственную типографию. Теперь он является уже не только редактором и главным автором своей газеты — он стал и ее издателем.
В своей типографии Марат выпустил в январе 1790 года памфлет «Разоблачения против Неккера». Неккер — в прошлом женевский банкир, составивший себе крупное состояние на различного рода спекуляциях, на игре канадскими ценными бумагами, сомнительных махинациях с бумагами Ост-Индской компании, был одним из самых богатых людей своего времени. Человек просвещенный, он писал сочинения на экономические темы, до революции слыл сторонником передовых идей. Как уже говорилось, он был преемником Тюрго в первые годы царствования Людовика XVI и с тех пор стал одним из самых популярных лидеров в рядах крупной буржуазии.
Неккер был на службе королевского двора еще до революции. Он сохранил свою власть и после великого дня 14 июля. Но если до 14 июля Неккер пытался реформами предотвратить революционный взрыв, то после 14 июля, после начала революции, его главные усилия были направлены на то, чтобы задержать ее поступательное развитие, свести ее результаты к минимуму.
Неккер после 14 июля пользовался поддержкой крупной французской буржуазии, буржуазной аристократии, хотя встречал в этих кругах и соперников, например Мирабо. Сосредоточив в своих руках непосредственное руководство правительственной политикой, Неккер был именно тем лицом, от которого более всего зависела ее повседневная практика. Вот это и побудило Марата выступить против него. В своем памфлете Марат писал:
«Я никогда в жизни не видел Неккера, я знаю его только понаслышке, по некоторым его писаниям и главным образом по его действиям… Как частное лицо, он всегда был, есть и будет существо для меня безразличное. Если он привлекает мое внимание, то только как королевский министр. Итак, по отношению ко мне он может быть только представителем власти, и я по отношению к нему могу быть только простым гражданином. Все наши споры поэтому могут носить лишь общественный характер, и рассудить нас может лишь трибунал нации».
И далее, обращаясь непосредственно к Неккеру: