Тогда и случился трагикомический эпизод, очень характерный для нездоровой атмосферы, царившей при французском дворе. В самом деле, Генрих III, которого несомненно вывели из себя инсинуации окружения, глубокой ночью велел арестовать брата, растревожив весь Лувр. «Он лично перерыл всю кровать моего брата, чтобы понять, прячет ли он там какие-нибудь бумаги. У брата было при себе одно письмо от мадам де Сов, полученное накануне вечером, каковое он держал в руке, чтобы его никто не нашел. Король потребовал отдать письмо». Когда содержание письма выяснилось, конфуз получился предельным, но Генрих не прекратил всех подозревать и оставил Франсуа под арестом. Тот добился разрешения послать за Маргаритой, которая по этому случаю приобрела очень горький опыт: «Мне предстояло пересечь весь двор, наполненный придворными, которые обычно стремились попасть мне на глаза и оказать знаки почтения. Теперь же каждый из них (как настоящий придворный), понимая, что Фортуна отвернулась от меня, делал вид, что меня не замечает». Состоялась трогательная встреча брата и сестры, которые «провели время в беседах и пытались понять причину, заставившую короля принять столь жестокое и несправедливое решение».
Тем временем выяснилось, что в Лувр инкогнито прибыл Бюсси, и король послал Л'Аршана его арестовать. Маргарита объясняет, что накануне ее брат «сам приказал ему приехать в составе отряда, чтобы обсудить с ним вопрос о формировании армии, которая предназначалась для Фландрии», но можно задаться вопросом, не наведывался ли Бюсси в Лувр регулярно, а именно для свиданий с королевой. Л'Аршан, — пишет она, — отправился искать Бюсси в комнату его сообщника Симье, не проявляя особого рвения, поскольку оба дружили, несмотря на различие в возрасте. Бюсси действительно прятался за пологом кровати, но решил лучше сдаться человеку, которому можно доверять. «Он обладал веселым и непринужденным нравом, — вспоминает Маргарита, — и никакие опасности и тревоги не могли внушить ему страха. И когда Л'Аршан закрывал дверь, чтобы сопровождать Симье, Бюсси высунул голову из-за полога и сказал ему: "Как, отец мой! Не хотите ли Вы уйти без меня? Или Вы считаете более почетным сопровождать этого негодяя Симье?" Л'Аршан повернулся и ответил: "Эх, сын мой, видит Бог, я готов отдать руку на отсечение, чтобы только не видеть Вас здесь!" Бюсси произнес: "Отец мой, это — знак того, что дела мои в порядке", продолжая подшучивать над Симье, который от волнения потерял присутствие духа». Нет никаких сомнений, что эти слова Маргарита изложила очень верно; кстати, в «делах», которые в порядке, позволительно усмотреть бахвальство Бюсси (любезно воспроизведенное) амурами с принцессой.
Но она по-прежнему находилась при арестованном брате, тогда как весь двор пребывал в смятении. Впрочем, дворянин, которому было поручено их охранять, «господин де Лосс, добрый старик, бывший еще наставником короля, моего отца, и который любил меня, как дочь», заверил их в своей поддержке и поддержке со стороны других сеньоров, возмущенных подобными методами. Что касается королевы-матери, она попыталась ослабить напряженность и после нескольких часов обсуждения преуспела в этом. Король вернул свободу брату и потребовал общего примирения, которое приобрело бурлескный облик — Бюсси заключил Келюса в объятья «на манер Панталоне. От этой сцены все общество, будучи еще во власти удивления и осознания важности происходящего, не смогло удержаться от смеха». Трагикомедия, по выражению королевы, закончилась.
Что до взаимного недоверия, оно оставалось очень сильным, и король по-прежнему строго надзирал за герцогом, который во второй раз в жизни принял решение бежать. «Он сообщил мне о своем желании. Понимая, что речь идет о его безопасности, а король и королевство не могут пострадать из-за этого [бегства], я одобрила его намерение. В поисках способа осуществить это […] он не нашел ничего иного, кроме как бежать через окно моей комнаты, которое выходило на ров и находилось на третьем этаже». Итак, на сей раз Маргарита была активной сообщницей беглеца. Она приобрела канат, который ей принесли в футляре от лютни, и была готова оказать содействие. Отъезд был назначен на 14 февраля, то есть через неделю после «ареста» Франсуа. В тот вечер она сидела за столом с матерью и братом, когда услышала, как Екатерину тихо предупредили о возможном побеге сына. Когда тот удалился, королева-мать обратилась к дочери. «Вы знаете, что я заверила короля в том, что Ваш брат никуда не собирается бежать», — сказала она, и смущенная Маргарита поручилась жизнью за верность герцога. Тем не менее через несколько минут она помогла ему скрыться: «Вместе мы привязали веревку к опоре. Выглянув в ров и никого не заметив поблизости, […] мы помогли спуститься сначала моему брату, который смеялся и шутил, […] затем — Симье, […] наконец, Канже, камердинеру брата». Все трое добрались до аббатства Святой Женевьевы, где встретили Бюсси, а потом бежали в Анжер.