Первый по-настоящему серьезный инцидент произошел в воскресенье, 13 августа, в соборе Святого Павла во время службы капеллана Марии, Гилберта Борна. В своей проповеди Борн разразился гневными упреками в адрес бывшего Лондонского епископа Ридли и восхвалял нового католического епископа Боннера. Собравшиеся были так возмущены его словами, что разразились «сильными криками и шумом, как взбесившиеся, и пребывали на грани бунта». В Борна бросили кинжал, который чудом пролетел мимо и с силой вонзился в угол кафедры. Священника поспешно препроводили в расположенную рядом церковную школу, а успокоить толпу с трудом удалось находящемуся среди присутствующих реформаторскому проповеднику, некоему магистру Бредфорду. Мария и Совет были возмущены. Немедленно появилось повеление горожанам соблюдать порядок и подчиняться лорд-мэру, иначе «королева установит для них другие порядки».
Было решено, что эмоции поможет сдержать присутствие в соборе мэра и Эдварда Кортни, и в следующее воскресенье среди прихожан в соборе оказались не только мэр, но и все остальные официальные лица в парадных одеяниях, то есть советники, епископ Боннер и начальник гвардии с более чем двумястами гвардейцами, охраняющими присланного Марией священника. Гвардейцы «прошагали к кафедре с алебардами, полностью готовые к бою», и стояли там, пока священник говорил на менее острую тему — о «восстановлении старого храма». Беспорядки не повторились, но Мария на всякий случай усилила личную охрану. В дополнение к эскорту всадников она приказала привезти в Ричмонд восемь пушек «для большей безопасности и чтобы устрашить бунтарей и злоумышленников демонстрацией силы». А кроме того, она повелела вооружить до восьми сотен всадников-гвардейцев и две сотни пехотинцев.
В первые беспокойные недели своего правления Мария была вынуждена умиротворять не только недовольных протестантов и бунтарей, но и разбираться с распрями в Совете, который насчитывал более сорока членов. Большей частью это были аристократы из окружения Марии, ее преданные сторонники, которых во времена Генриха и Эдуарда подвергли опале или заточили в тюрьмы. Но, к удивлению многих, в Тайный совет вошли также и советники Эдуарда, которые утвердили лишение Марии прав наследования престола и передали ее корону Джейн Грей. Из ее свиты в Совет пришли Рочестер, Уолгрелв, Ингелфилд, а также капеллан Борн. К ним присоединились такие достойные дворяне, как сэр Генри Джернингем, теперь капитан королевской гвардии, который вместе с престарелым графом Суссексом прибыл защищать принцессу во Фрамлингэм, сэр Джон Гейдж, ее проверенный временем лорд-гофмейстер, и сэр Томас Чейни. Это были в высшей степени доверенные люди, непоколебимые в своей преданности Марии и католической церкви, но, к сожалению, без опыта ведения государственных дел.
В Совет пришли также люди, сильно пострадавшие за свои политические и религиозные взгляды при регентстве Сомерсета и Дадли. Они были столь же преданны Марии, но обладали гораздо большим государственным опытом. Герцог Норфолк, Томас Терлби, епископ Норидж, восьмидесятилетний епископ Дарэмский Катберт Танстолл и весьма знающий, искренний и вспыльчивый епископ Винчестерский Стивен Гардинер, обладавший всеми качествами руководителя и переживший двух правителей. Гардинер был в свое время главным советником Генриха VIII по вопросу о разводе, но об этом Мария предпочла бы сейчас не вспоминать. Впоследствии он реабилитировал себя в ее глазах, заняв в вопросах религии более консервативную позицию, в результате чего стал одним из злейших врагов Дадли. Ненависть герцога епископу даже льстила, потому что он был честен, а регент неискренен и лжив. Марии нравилась его решимость стоять за свои убеждения до конца.