У Марии была возможность продемонстрировать свою власть правящей королевы, предприняв решительные действия. В подобной ситуации Диана де Пуатье легко побудила бы своего монарха к массовым арестам; Екатерина Медичи отдавала бы приказы лично, и после лишь совершенно
Босуэлл был человеком, готовым воспользоваться сложившимися обстоятельствами, а его жизненная философия была достойна главы мафиозного клана. У него не было продуманного плана по обретению короны Шотландии, он просто хватал то, что само шло ему в руки и приносило выгоду. В военном отношении он был известен как мастер быстрой внезапной атаки — эта тактика была наиболее эффективна при управлении беспокойным Пограничным краем. Как дипломат он предпочитал применять силу, а в случае сопротивления увеличивал ее до тех пор, пока противник не решал присоединиться к нему, чтобы не быть уничтоженным. Теперь же он осознал, что никто в стране не контролирует ситуацию, а королева сама по себе никогда ничего не предпримет. Плод власти созрел, его оставалось только сорвать.
Изумленная бездействием Марии, Екатерина Медичи писала ей, что если она не отомстит за смерть мужа, то будет не просто опозорена, а станет врагом Франции. Однако Мария по-прежнему бездействовала. После убийства Дарнли «она все время была либо больна, либо пребывала в меланхолии». Историк XIX века Дж. П. Лаусон утверждал: «Поведение королевы Марии в этот период демонстрирует такую покорность судьбе и такую глупость, какая может быть объяснена исключительно тем, что она находилась тогда под влиянием сильной, всепоглощающей и неконтролируемой страсти». В Тайном совете теперь не было Морея, да и единства между его членами тоже не было. Босуэлл, чья жена была больна, сделал первый шаг к власти. Он контролировал перемещение принца обратно в традиционную детскую — замок Стирлинг под присмотр опекуна графа Мара. Это позволило ему назначить сэра Джеймса Балфура, которого он считал верным союзником, комендантом Эдинбургского замка. То была почти фатальная ошибка.
Теперь Босуэлл располагал большим влиянием, чем когда-либо имел Дарнли, и Леннокс подал официальную петицию с требованием судить Босуэлла за убийство. 21 марта все еще пребывавшая в Сетоне Мария согласилась созвать парламент; пять дней спустя Леннокс потребовал, чтобы Босуэлла арестовали. Ничего не было предпринято, но 28 марта колебавшийся Тайный совет приказал Босуэллу 12 апреля предстать перед судом. После этого Леннокс заявил, что этого времени ему недостаточно, чтобы подготовить обвинение, и потребовал отсрочки. Он также написал Елизавете и попросил ее вмешаться.
Общественное мнение вынуждало Марию дать согласие на действия, направленные против «тех, кто ближе всех» к ней, но Босуэлл располагал собственными средствами, чтобы разобраться с судьями. В день суда Босуэлл привел с собой в город четыре тысячи вооруженных человек и разместил вокруг Толбута, где заседал суд, двести аркебузиров. Он полностью контролировал доступ на заседание, и «ни у кого не было достаточно храбрости, чтобы признать виновным такого опасного и беспринципного человека».
Когда Босуэлл собирался выехать из Холируда в сопровождении Летингтона и Мортона, прибыл Друри с письмом от Елизаветы, поддержавшей просьбу Леннокса об отсрочке. Друри передал письмо Летингтону, однако тот сказал, что королева все еще спит, и всадники двинулись в путь. Но дю Крок обратил внимание Друри на то, что «спящая» королева вместе с женой Летингтона Мэри Флеминг стоит у окна и живо машет рукой отъезжающему Босуэллу.