За день до развода Босуэлл был уже настолько уверен в своей добыче, что вернулся вместе с Марией в Эдинбург. В сопровождении Летингтона и пока еще верного Хантли он въехал в город через Западные ворота, проехал через Грассмаркет, а затем вверх по Хай-стрит к замку. Этот путь был короче и предоставлял толпе меньше шансов продемонстрировать чете свое недовольство. Въезд был далек от оставшихся в прошлом торжественных процессий: Босуэлл шел пешком, ведя лошадь Марии под уздцы, так что она вернулась в столицу скорее как пленница, нежели как правительница. Босуэлл, однако, разоружил своих людей, и королевская свита выглядела относительно мирно. Граф незамедлительно попросил пастора церкви Сент-Джайлс Крейга сделать объявление о предстоящем браке. Крейг отказался, заявив, что этот брак станет прелюбодеянием, а Мария была взята силой. В своей типичной манере Босуэлл потребовал от городского совета повесить пастора, но судейский клерк принес письмо Марии, в котором утверждалось, «что ее не похищали и не держали в плену». После долгих колебаний Крейг в конце концов сделал объявление о браке. 12 мая Мария провозгласила перед Тайным советом, что «она довольна графом и забыла весь свой гнев, порожденный тем, что он тогда захватил ее в плен».
Мария даровала Босуэллу титул герцога Оркнейского и, как уверяют, сама возложила ему на голову герцогскую корону. 15 мая чету обвенчал в капелле Холируда Адам Босуэлл, епископ Оркнейский, в соответствии с протестантским обрядом. Это произошло в десять вечера, и за венчанием не последовали «ни праздник, ни развлечения». Один из современников заметил, что брак «заключили неподобающим образом». Лорд Херриес умолял Марию не выходить замуж за Босуэлла, а дю Крок предупреждал, что такой шаг ей будет стоить дружбы с Францией. По иронии судьбы из первых двух браков Марии один был династическим, а второй — поспешным, хотя и необходимым для продолжения королевского рода, однако обе свадьбы праздновались с большим размахом. Третий же брак, по крайней мере для невесты, был браком по любви, но свадьбы практически не было. Первый супруг оставил Марию вдовой, второй был убит всего тремя месяцами ранее, и прошло всего пятнадцать месяцев с тех пор, как она сама подарила леди Джин Гордон подвенечное платье из серебряной парчи по случаю ее свадьбы с Босуэллом. Великолепное образование, достойное Гизов, оказалось совершенно бесполезным: теперь Мария изолировала себя даже от тех представителей шотландской знати, которые оставались ей верны. Общественное мнение отразилось в памфлетах, прибитых к воротам Холируда; в них цитировался Овидий:
Вскоре после похищения Мария прочувствовала весь ужас своего положения. 1 мая в Стирлинге была сформирована конфедерация знатных дворян, поставивших своей целью «добиться освобождения королевы, уберечь принца от врагов под опекой графа Мара, очистить королевство от позорящих его последствий убийства нашего короля». На языке политики это означало, что выскочка Босуэлл зарвался и его пора поставить на место. Полная перемена в позиции знати, ранее с энтузиазмом подписавшей соглашение в таверне Эйнсли, показала, как быстро Босуэлл достиг своего: от короны его отделял лишь один шаг.
После смерти Якова V Шотландией управляла королева-регентша, за ней — девочка, получившая образование во Франции, но не сумевшая стать для страны сильной правительницей. Теперь, когда принц Яков находился в пределах досягаемости лордов благодаря опеке графа Мара, дворяне готовились к ставшей им хорошо знакомой за 130 лет ситуации — регентству при несовершеннолетнем короле. Среди прочих за это выступали Аргайл, Атолл, Мортон и Мар. Трое из них подписали Крейгмилларское соглашение. В новой конфедерации к ним присоединились графы Гленкайрн, Кассилис, Эглингтон, новый граф Рутвен и еще одиннадцать человек. Учитывая, что Шательро и Морей все еще находились за границей, нужно отметить, что эта конфедерация почти точно воспроизводила ту, что выступила против брака Марии с Дарнли во время «Загонного рейда».