Лорды чувствовали себя настолько уверенными, что, находясь в Стирлинге, заказали постановку маски «Убийство Дарнли и судьба Босуэлла». В заключительной сцене игравшего Босуэлла мальчика повесили под громкие аплодисменты. Повешение оказалось слишком реалистичным, и прошло некоторое время, прежде чем мальчик-актер смог прийти в себя. После спектакля участники конфедерации отправились в свои владения собирать войска.
Марии никогда раньше не приходилось собирать армию, а ее доход от «третей» исключал такие траты. Поэтому она впервые за все время правления столкнулась с серьезной нехваткой средств. Она повысила налоги лишь однажды — чтобы заплатить за крестины сына. Теперь она продала золотую и серебряную посуду и драгоценности и даже хотела расплавить подарок Елизаветы — золотую купель, чтобы начеканить монеты и заплатить войскам.
Романтические мечты Марии быстро развеялись под натиском реальности. Похоже, она не подозревала о том, что все отношения Босуэлла с женщинами сводились к сексуальному подчинению, вслед за чем женщины оказывались брошенными. Босуэлл не таил своих измен — «слезам и жалобам Марии не было конца». Его разведенная жена Джин Гордон все еще жила в замке Крайтон, и граф регулярно посещал ее. Дю Крок сообщал, что граф продолжал считать Джин своей женой, а королеву — своего рода законной сожительницей. Никакие правила общественной жизни не касались графа Босуэлла. Он постоянно ревновал Марию, свое последнее приобретение, не дозволяя ей никаких контактов с мужчинами, и устроил ей жестокую выволочку за сравнительно невинный жест — она позволила себе подарить коня все еще не вполне вменяемому графу Аррану. Босуэлл также удалил всех служанок Марии и заменил их своими доверенными слугами, которые держали ее под постоянным наблюдением. Насколько глубоко несчастной из-за всего этого чувствовала себя Мария, можно судить по ее словам, сказанным дю Кроку в день свадьбы: «Я хочу умереть». В другой раз она в присутствии Мелвилла потребовала принести нож, заявив, что хочет убить себя, и добавила: «Или же я утоплюсь». Разумеется, королева не имела намерений совершить самоубийство, ее поведение — это невольный жест отчаяния, показывающий всю его глубину. Поразительным образом ранее презираемого всеми Дарнли теперь в памфлетах именовали «благородный Генри», а эдинбуржцы, встречая Марию, приветствовали ее возгласами: «Боже, храни королеву!» — но при этом добавляли: «Если она невиновна в смерти короля». По рукам ходила баллада на смерть Дарнли, начинавшаяся строками: «Прощайте, счастье и невинные забавы! Прощайте, ночь и день». Время придавало его образу очарование мученика.
На людях Мария поддерживала впечатление полного счастья, выезжала на верховые прогулки с Босуэллом, участвовала вместе с ним в состязаниях. Босуэлл часто пренебрегал придворным протоколом, появляясь в обществе Марии с непокрытой головой, а она превращала все в шутку, лично надевая шляпу ему на голову. Он издавал прокламации, словно был уже королем или протектором. Нет нужды упоминать, что Мария покорно следовала за ним, издав еще одну прокламацию в защиту протестантской религии. Придворные отметили, как огрубел ее язык. Следуя примеру вечно сквернословящего мужа, Мария однажды очень резко выразилась в адрес лордов: «Атолл — слабак, что же до Аргайла, я хорошо знаю, как заткнуть ему рот. Мортон же только что стянул сапоги, и они все еще грязны; его стоит послать обратно туда, откуда он пришел» — то есть обратно в ссылку.
Жизнь при дворе была лишена всякой радости. Слуг стало меньше, но зато появилось гораздо больше солдат, а из советников только Летингтон и Хантли оставались верны Марии. На самом деле Хантли стал весьма сомнительным союзником Босуэлла после того, как тот цинично развелся с его сестрой, и даже просил разрешения удалиться от двора. Мария отказала ему, заметив, что знает: он хочет пойти против нее, подобно его отцу, сражавшемуся при Корричи. Это замечание было не просто неуместным, оно было обидным и оскорбительным. В результате Хантли и его сторонники немедленно укрылись в безопасности Эдинбургского замка. Замок находился под контролем сэра Джона Бал фура, тайно перешедшего на другую сторону, о чем Босуэлл не подозревал. Летингтон чувствовал, что Босуэлл угрожает его жизни, и в конце концов примкнул к лордам конфедерации. После этого Шотландия фактически лишилась правительства, если не считать Босуэлла, которого теперь считали узурпатором.
Первый шаг сделали лорды, выступив против Марии и Босуэлла, когда те находились в замке Бортвик, в двенадцати милях к югу от Эдинбурга. Вражеские силы появились на рассвете 10 июня, и Босуэлл, как обычно беспокоившийся о своем благополучии, бежал, оставив Марию противостоять лордам, находившимся под стенами замка и перешедшим к откровенным оскорблениям. На следующую ночь переодетая в мужское платье Мария также бежала верхом на лошади слуги и в три часа утра присоединилась к Босуэллу. Они укрылись в Данбаре, а Босуэлл спешно собирал армию: оборона была не его типом военных действий.