Морей отказался дать разрешение, а 4 декабря Тайный совет подтвердил существование бумаг, «написанных ею собственноручно», которые указывали на соучастие Марии в убийстве Дарнли и даже обвиняли ее в заговоре с целью погубить младенца Якова. Постепенно стали распространяться слухи о Крейгмилларском соглашении, и, по сообщению Друри, Летингтон сжег все существовавшие его копии, за исключением одной, касавшейся «участия королевы; сохраненной, чтобы показать при случае». Чтобы увязать между собой тюремное заключение Марии и регентство Морея, собравшийся 15 декабря парламент придал действиям мятежных лордов законную форму. Убийство Дарнли, мятеж Босуэлла и заключение Марии в Лохливене произошли «по вине самой королевы». Босуэлла описали как «главного исполнителя указанного ужасного убийства». Прозвучало требование заслушать письма Босуэлла и Марии, но их не предъявили, хотя парламентариев заверили в том, что они доказывали: «Она заранее знала и соучаствовала в упомянутом убийстве короля, своего законного супруга». Парламент также отметил «передачу короны и власти в королевстве, совершенную ее милостью королевой, дражайшей матерью нашего господина, подтвержденную ее письмами, подписанными лично и запечатанными ее личной печатью 24 июля». Парламент также мудро ратифицировал все сделанные Марией земельные пожалования, тем самым не давая ей возможности отозвать их в день своего рождения. Мария больше не была королевой Шотландии, она сама провозгласила: «Мы так расстроены и опечалены, что наши тело и дух не в состоянии сохранять силу в данной ситуации. Поэтому мы отказались от управления нашим королевством».
Довольно неуклюже высказывая пожелание, чтобы такое никогда больше не случалось в будущем, парламент выступил против женщин в целом: «Женщин не дблжно ни в коем случае допускать к публичной власти в королевстве или позволять им иметь ее в стране».
Лорд Херрис объявил протест в отношении писем об отречении, назвал их недействительными и потребовал нанести визит Марии, чтобы лично услышать ее пожелания. Он возглавил парламентское меньшинство, отказавшееся подписать акт об отречении. Этот акт тем не менее был принят наряду с остальными актами, укреплявшими реформированную церковь, включая исповедание веры, заново утверждавшее положения кальвинистского учения, а также более радикальными актами, направленными против католиков. Партия Хэмилтонов на заседании парламента не присутствовала.
Морей провел два дня в Эдинбургском замке, а затем начал свое регентство с конфискации всего имущества Босуэлла, немедленно вынудив Патрика Уилсона, объявленного убийцей короля, передать ему замок Данбар. Эти действия имели более важное значение, нежели просто подчинение территорий, ведь именно в Данбаре хранилась основная часть драгоценностей Марии. Как она справедливо полагала, Морей наложил руку на всё, включая ее кольца. Мария знала, как это случается: так было с Дианой де Пуатье после смерти Генриха II и с ней самой после смерти Франциска II. В обоих случаях драгоценности становились собственностью короля, однако теперь Морей подарил некоторые из них жене, а остальные сохранил для себя.
В сентябре Морей принял делегацию лордов, преподнесших ему позолоченную посуду и задавших вопрос о его намерениях в отношении Босуэлла. Морей ответил им, что «не стоит делить шкуру неубитого медведя». Трокмортон также отметил, что Хэмилтоны «созвали вассалов на западе страны». 5 сентября Бедфорд сообщил Сесилу, что Морей собирается выступить против них с оружием в руках. Однако 15 сентября Морей принял Аргайла и Хэмилтонов для обсуждения спорных вопросов. Это, должно быть, оказалось бесполезным, поскольку 17 сентября Хэмилтоны потребовали освободить королеву и призвать к ответственности убийц Дарнли. Они поклялись в верности Якову, однако как принцу, а не королю, и вознамерились «помочь лордам, которые поддержали наше дело». К тому времени они смогли собрать 400 пехотинцев и получили обещание, что будут присланы еще 9 тысяч. Ясно обрисовались противоборствующие стороны, хотя 14 октября Морей уверял Сесила: «Состояние королевства указывает на всеобщее спокойствие». Однако подводный камень — тайные письма из шкатулки, становившиеся все менее и менее тайными, — оказался на виду 16 сентября, когда Морей в присутствии лордов Тайного совета подписал расписку в получении ларца. Как и Мортон, он объявил письма подлинными.