Учитывая ее состояние после выкидыша — у Марии было сильное кровотечение, следующий шаг лордов был чрезвычайно жестоким. Они наконец решили разрубить гордиев узел, и королеву посетил Линдси в сопровождении нотариев. Линдси привез с собой письма, в которых Мария официально обвинялась в соучастии в убийстве Дарнли и в совершении прелюбодеяния с Босуэллом. Кроме того, были три документа, которые Мария должна была подписать. Первый из них представлял собой отречение от престола. В нем говорилось, что она «столь опечалена и сломлена» бременем правления, что не может его больше выносить и по собственной воле и «из материнской любви» отдает корону и власть своему сыну. Поскольку Мария должна была признать, что бремя власти сломило ее, возложение этого бремени на младенца-сына вряд ли выглядит как акт материнской любви, но у составителей документа не было времени продумать такие тонкости — он был призван расчистить путь для коронации Якова. Второй документ передавал Морею власть регента вплоть до достижения Яковом семнадцати лет, а третьим документом Мария должна была назначить регентский совет из Шательро, Аргайла, Мортона, Гленкайрна и Мара, которому надлежало править, пока в Шотландию не вернется Морей, а потом и помогать ему в делах управления, если бы он того пожелал. Лорды предусмотрели всё. Линдси попросил Марию прочитать документы, но из его поведения было ясно: не имеет никакого значения, прочтет она их или нет. Некоторые источники утверждают, что на самом деле она их вовсе не читала.
Мария, находившаяся в постели и все еще очень слабая от потери крови, естественно, отказалась подписать документы, и атмосфера резко изменилась. Ей намекнули, что, если она не подпишет, ее выведут из замка и утопят в озере или же отвезут на «некий остров посреди моря, где будут содержать всю оставшуюся жизнь, и никто об этом не узнает». Мария «настойчиво» попросила дать ей возможность ответить перед парламентом на все содержавшиеся в письмах обвинения. Линдси сказал, что у него нет полномочий вести переговоры, а нотарии зачитали королеве документы. Затем они вновь спросили, каково ее решение, и Мария опять отказалась подписать их. Теперь, однако, Мария встала с постели и перебралась в кресло. Она осознала, что в мире реальной политики корона ей больше не принадлежит: ее отберут у нее либо законным образом — через отречение, либо силой — убив ее. Поскольку ей некуда было деваться, она подписала документы, попросив нотариев засвидетельствовать, что подписывает их под принуждением. Она запомнила совет Трокмортона, содержавшийся в переданном ей тайно письме. Так началась длинная череда заговоров и тайной переписки, которая будет продолжаться до самой ее смерти.
Именно тогда Марию перевели из покоев Дугласов в средневековую башню и отобрали бумагу, перья и чернила. Как обычно в безвыходной ситуации, Мария заболела, на этот раз желтухой, вызвавшей отеки и «окрашивание всего ее тела в ярко-желтый цвет». Отек, вероятно, был вызван спровоцированным выкидышем тромбозом вен. К ней допустили врача, который давал ей стимулирующие сердечные средства и делал кровопускания до тех пор, пока она не поправилась. Болезнь и более строгий режим содержания отрезали Марию от новостей, не давая ей возможность узнать о том, что происходило в Эдинбурге и Стирлинге.
Трокмортон сначала встретился с Летингтоном, немедленно известившим его, что любая попытка Англии оказать поддержку Марии поставит под угрозу ее жизнь. Затем посол встретился с лордами — уже надевшими шпоры и готовыми скакать в Стирлинг — и просил их повременить с отречением, поскольку не на благо государству передавать власть ребенку. Ему ответили: «Королевство еще никогда не управлялось хуже, ведь королева получала дурные советы или не получала их вовсе», а затем лорды удалились. Потом Трокмортон просил Сесила, и совершенно напрасно, как оказалось, отозвать его в Лондон, потому что ему больше нечего здесь делать. Это спасло бы его от неловкости, ведь лорды пригласили его принять участие в коронации, и его согласие означало бы, что Елизавета признала свершившееся. Дилемма была разрешена 26 июля, когда Трокмортон получил длинное письмо от Елизаветы, приказывавшей ему оставаться в Эдинбурге и продолжать настаивать на освобождении Марии. Она должна знать, насколько «мы не одобряем их действия», писала Елизавета. Однако Сесил вычеркнул слово «их» и вставил вместо него «ее», изменив тем самым весь тон письма. Трокмортон должен был передать лордам: «Мы откровенно выступим против вас, мстя за вашу правительницу в назидание потомству… Вы можете заверить их, что мы не менее их ужасаемся убийству нашего кузена короля и нам точно так же не нравится брак королевы с Босуэллом. Однако им не пристало… призывать ее… к ответу на обвинения силой; ведь мы считаем неестественным, чтобы голова отвечала перед ногой». Наконец, ему «ни в коем случае» не разрешалось присутствовать на коронации.