19 июня, возможно, произошло событие, породившее многотомные исторические труды. Мортон утверждал, что в тот вечер он ужинал с Летингтоном, когда слуга доложил ему: в Эдинбурге видели Томаса Хёпберна, Джона Кокбёрна и Джорджа Далглиша. Все они были людьми Босуэлла, всех их разыскивали, так что Мортон отправил своих людей арестовать их. Томас Хёпберн бежал, Джона Кокбёрна арестовали. У Далглиша нашли «различные улики и письма», однако он отрицал, что хранит другие документы. Мортон не поверил ему и приказал поместить его на ночь в Толбуте в клетку, настолько маленькую, что в ней невозможно было встать во весь рост или лечь. В Тауэре подобное устройство называлось «малой клеткой». После ночи, проведенной в клетке, в дальнейших пытках не было необходимости: на следующий день Далглиш с готовностью отвел Роберта Дугласа, агента Мортона, в свою комнату и вытащил из-под кровати серебряную шкатулку. Эта шкатулка принадлежала Босуэллу, но ранее находилась на хранении у Балфура в замке. Перед сражением при Карберри Босуэлл послал за шкатулкой, однако предатель Балфур передал ее в руки Далглиша. На следующее утро в присутствии Атолла, Мара, Гленкайрна, Летингтона и еще пяти лордов вскрыли замок шкатулки. В ней обнаружили «письма, контракты, сонеты и прочие бумаги». Мортон лично хранил шкатулку. Он не сообщает о том, что свидетели удосужились хотя бы просмотреть ее содержимое. Впрочем, все они желали очернить Марию и Босуэлла и предпочли бы сначала внимательно прочесть документы, а уже потом делать утверждения. Шкатулка стала знаменитой бомбой замедленного действия в истории Марии Стюарт, причем к тому времени, когда ее содержимое было предано гласности, Джордж Далглиш — единственный человек, который мог подтвердить или опровергнуть историю Мортона, — был к всеобщей радости казнен.
Письма подтверждают участие Марии в собственном похищении Босуэллом и ее вину в убийстве Дарнли. Теперь они находились в руках ее врагов. Противники, впрочем, все еще пребывали в замешательстве. 1 июля лорды продолжали утверждать, что Босуэлл захватил королеву силой, хотя могли бы заявить, что располагают весомыми доказательствами обратного.
23 июня 1567 года Елизавета написала Марии, которой в Лохливене позволили получать письма:
«Всегда считалось, что преуспеяние привлекает друзей, а бедствия подтверждают истинность их дружбы. Мы знаем о Вашем положении и о Вашем браке от Вашего доверенного слуги Роберта Мелвилла. Говоря откровенно, наше горе весьма велико; ведь невозможно было сделать худший для Вашей чести выбор, нежели в такой спешке выйти замуж за подданного, которого помимо прочих недостатков молва обвинила в убийстве Вашего покойного супруга, указывая и на Ваше соучастие, хотя мы полагаем, что это последнее сообщение ложно!»
Затем английская королева посочувствовала бедствиям Марии и уверила, что сделает все, что в ее власти, во имя ее чести и безопасности, а также даст подданным Марии знать, что поддерживает ее. Другими словами: «Если Вы настолько глупы, чтобы выйти замуж за убийцу, сделавшего Вас соучастницей, чего же Вы хотели?»
Елизавета отправила Трокмортона в Шотландию с подробными инструкциями: «Надлежит призвать к согласию между правительницей и лордами, а также провозгласить, что, будучи сестрой-правительницей, их королева не может содержаться в плену или быть лишена монаршего статуса». Послу надлежало также предупредить шотландцев, что «подданным не подобает наказывать своего государя, они могут лишь давать ему советы». В качестве посла Елизаветы Трокмортон получил свободу пожурить Марию за ее ошибки — его положение давало право на подобное оскорбление величества. Елизавета всегда подчеркивала нерушимость прав помазанника Божьего. Шотландцев также предостерегли против союза с Францией.