Трокмортон, которому нельзя не посочувствовать, принимая во внимание возложенную на него задачу, получил также меморандум Сесила: необходимо установить фактические доказательства вины Босуэлла, Мария должна поручить лордам начать судебное разбирательство в его отношении; надо созвать парламент; все земли Босуэлла нужно конфисковать и передать Марии для обеспечения приличного образования принца Якова; вопрос о престолонаследии должен быть «заново подтвержден» — конечно же на условиях Эдинбургского договора; реформистская церковь должна быть официально признана всеми, за исключением «только самой королевы»; наконец, четыре или шесть советников должны регулярно раз в месяц совещаться с ней. Трокмортону не дали никаких инструкций относительно того, каким образом он должен был добиться всего этого от мятежных лордов, однако наставления хорошо согласуются со страстным желанием Сесила установить протестантский режим, действующий в рамках закона. Затем министр добавил к меморандуму постскриптум: латинский текст
Трокмортон, явно в ходе личной беседы, ответил, что согласен с Сесилом: принцу Якову будет лучше жить в Англии, а он сам обеспокоен усиливающимся конфликтом лордов — сторонников Марии и сторонников возможного регентства. Он также добавил, что будет сопровождать французского посла, «чтобы узнать о его инструкциях». Джеймс Мелвилл сообщает о том, какие были образованы коалиции: с одной стороны Мортон, Хьюм, Атолл, Летингтон и сэр Джеймс Балфур — партия короля, а с другой стороны их враги Хэмилтоны и Хантли — партия королевы. «Лорды, которым было отказано в дружбе, собрались в Дамбартоне под предлогом освобождения королевы с оружием в руках… Они бы и не подумали этого делать, если бы были допущены в общество остальных».
Другой причиной, по которой Трокмортон желал держаться поближе к французскому послу, была информация о том, что все еще находившийся во Франции Морей обращался за помощью к кардиналу Лотарингскому и пытался оказать давление на Екатерину Медичи. Достигнув Уэра, что лежит в двадцати милях от Лондона, отправлявший депеши по мере своего продвижения Трокмортон все еще считал освобождение Марии главной «мишенью, по которой нужно стрелять». Из Ферри Бриддж в Йоркшире он написал, что Аргайл, Флеминг, Сетон и Бойд присоединились к Хэмилтонам и Хантли, а замок Дамбартон предоставлен в распоряжение Босуэлла — если тот вернется. В Берике, где, судя по его жалобам, жилье было больше похоже на тюремную камеру, чем на место отдыха, Трокмортон встретил Летингтона. Когда того спросили, на чем стоят лорды, Летингтон улыбнулся, покачал головой и ответил: «Для нас было бы лучше, если бы вы оставили нас в покое, в противном случае плохо будет и нам, и вам; боюсь, что в конце концов так и выйдет». До Трокмортона дошел слух, что Марии предложили убежище во Франции, в аббатстве, которым управляла ее тетка, а принц Яков будет сопровождать ее «во время благочестивого паломничества во Францию», оставив Шотландию под управлением регентского совета. Но поскольку ни французский посол, ни какой-либо другой дипломат не имели доступа к Марии, этот слух явно был абсурдным. Трокмортону не оставалось ничего другого, кроме как «вскочить в седло и отправиться в Эдинбург». Там он получил новое письмо от Елизаветы, предписывавшее ему уверить Марию, что для нее лучше всего отослать принца Якова в Англию, где с ним будут обращаться как с сыном английской королевы, а он «познакомится с ее страной». Трокмортон также быстро усвоил, «что ни один посол или иностранец не должен говорить с Марией до тех пор, пока не арестуют графа Босуэлла». Его доля на самом деле была незавидной.