Но радовалась Мария недолго: 5 июля Ноллис официально объявил ей, что ее переводят в замок Болтон. Мария отказалась переезжать. Ноллис сказал ей, что замок гораздо удобнее и комфортнее, чем «это шумное и нездоровое место», но она продолжала отказываться сделать «хотя бы один шаг» из Карлайла без прямого приказа Елизаветы, если только ее не принудят к этому силой. Ноллис возразил, что если Мария отказывается переехать в замок, находящийся всего в двух или трех днях пути от места, где пребывает Елизавета, тогда речь явно идет «о некоем тайном умысле». Мария, проливая потоки слез, ответила: ему не стоит опасаться, что она «ускользнет», и вновь написала Елизавете длинное и довольно драматическое письмо, соглашаясь перебраться в Болтон «под принуждением», но прося о возвращении ей лорда Херриса. Повторила она и просьбу о личной встрече: «Если бы Цезарь не пренебрег прочтением предостерегающих писем или прочел жалобу советника, он бы не умер жалкой смертью… Я не обладаю натурой василиска… И даже если бы я была такой опасной и несла на себе проклятие, как говорят люди, Вы достаточно вооружены силой, удачливостью и справедливостью». Мария понимала, что проигрывает сражение, а после того, как получила три сундука с одеждой от Морея, ее печаль усилилась: в них, помимо седел и «прочих вещиц», было только одно целое платье. Большая часть ее туалетов по-прежнему находилась в замке Лохливен.
В качестве посла Марии в середине июля Херрис встретился с Мидштмором в Лондоне и, если верить письму Миддлмора Сесилу, полностью отрекся от Марии, резко переменив свои взгляды. По утверждению Мидштмора, Херрис предложил, чтобы Елизавета правила Шотландией, французов вышвырнули вон, а Мария никогда не возвращалась бы домой. Так как Херрис постоянно оказывал поддержку Марии, это письмо выглядит полной клеветой. Бестактность Миддлмора привела к его полному провалу в роли посланника к Марии, хотя, как мы увидим, он достиг большего успеха у Морея. Возможно, при помощи этой довольно неуклюжей уловки он пытался вернуть расположение Сесила.
Первая стадия перемещения недовольной Марии в Болтон — в сопровождении сэра Джорджа Боуэса и сорока вооруженных всадников, которые якобы должны были защищать ее от врагов, — привела королеву в дом Доутера в Уортоне, в двадцати милях от Карлайла. Здесь Ноллис нашел Марию более сговорчивой. В конце концов, все было решено без нее, а у нее не было никаких средств к сопротивлению, хотя прямых приказов от Елизаветы Ноллис до сих пор не получил. Мария добилась права отправлять и принимать посланцев от своих сторонников в Шотландии; она также сказала Ноллису, что пожаловала управление страной на время своего отсутствия герцогу Шательро.
Королевский кортеж прибыл, наконец, в Болтон 15 июля, когда уже стемнело. Мария была «тихой, сговорчивой и не создавала никаких неприятностей». Ее свита выросла до 51 человека, 21 из которых были «простолюдинами». Их было больше, чем ожидал Ноллис, поэтому ему «пришлось нанять 4 маленькие повозки, 20 тяжеловозов и 23 верховых лошади для ее слуг — все это к большому ее удовлетворению». Марию поселили на третьем этаже северо-западной башни, в просторной комнате с камином и прекрасным видом на долины Йоркшира. Рядом была ее спальня, так что здесь королева располагала большими удобствами, нежели в Карлайле.
Строительство замка Болтон было завершено в 1399 году, он представлял собой великолепный пример соединения дворца и крепости. Ноллис сообщал: «Этот дом хорошо укреплен, красив и величествен. Он выдержан в старинном стиле и является самым высоким укрепленным дворцом, какой я видел; у него всего один вход. Его можно защищать с половиной солдат карлайлского гарнизона… Там [в Карлайле] покои королевы выходили в сторону Шотландии, и если подпилить оконную решетку, она смогла бы выбраться, а между замком и Шотландией лежит равнина».
Теперь Шотландия находилась на расстоянии 150 миль, и Мария была вне досягаемости шотландских налетчиков, которых так опасались в Карлайле. Более того, были предприняты особые меры по усилению защиты Болтона. Пять дней спустя после прибытия Марии из Лохл и вена доставили «5 небольших повозок и 4 тюка одежды». Сэр Джордж Боуэс прислал Марии ковры и гобелены, а граф Нортумберленд регулярно поставлял к ее столу дичь. Наконец прибыли и ее парчовые занавеси. Теперь двор Марии обустроился на новом месте; кроме того, определился ее статус в Англии — хотя Мария и не хотела этого признавать, но она была здесь пленницей.