К Марии не должны были допускать посетителей, не имевших особого разрешения, а все тайные письма надлежало перехватывать. Любого человека, подозревавшегося в соучастии в убийстве Дарнли или в поддержке брака с Босуэллом, следовало «заключить под стражу и призвать к ответу». Францию нужно предупредить не вмешиваться. Необходимо найти неопровержимые доказательства соучастия Марии в убийстве Дарнли. Если она окажется невиновной, Елизавета может помочь восстановить ее на троне, но в случае, если она виновна, Елизавета должна поселить ее в Шотландии, свободной от французской тирании. Марию ни в коем случае не следует отпускать из королевства. «Ее Величеству подобает разрешить любые споры относительно шотландской короны — ведь она по древнему праву принадлежит английской короне, что можно доказать множеством документов, исторических примеров и прецедентов». Если бы Марию оправдали, тогда Литский договор — здесь Сесил допустил редкую ошибку, ведь договор, подтверждавший права Елизаветы на престол, назывался Эдинбургским — следовало немедленно ратифицировать. Если бы Марию сочли виновной, тогда ее могли бы восстановить на престоле при определенных условиях. Далее в меморандуме говорилось:
«…Если ее преступления окажутся слишком велики, ее следует поселить в безопасном месте, но не возвращать ей королевство. Если восстановить ее на престоле, она и ее сын станут править совместно, а регент сохранит свою должность вплоть до совершеннолетия сына. Если она уедет во Францию, Англия окажется окруженной могущественными врагами, а Франция обладает большими силами, чем мы. Если она останется, то поощрит дурных подданных к мятежу. Если она вернется в Шотландию, то друзья Англии потеряют свое положение, а друзья Франции возвысятся».
Это был длинный документ, в котором проанализирована каждая возможность и предусмотрены все варианты. Хотя Сесил и не говорит этого прямо, подразумевается, что Мария останется в заключении до тех пор, пока не состоится некое подобие суда, и хотя его результаты и не предсказывались, понятно, что Сесил предпочел бы держать Марию под арестом в Англии. Сесил также опасался, что в Шотландии Хэмилтоны совершат переворот, который поставит границы Англии под угрозу — тем самым увеличивая расходы на их оборону. (Если Елизавета прочла меморандум — а она скорее всего так и сделала — то, несомненно, пришла в ужас от мысли, что ей придется действовать против кузины, и от объема возможных расходов.) Сесил также приказал, чтобы «ни англичане, ни французы или шотландцы не допускались к ней… и были приняты серьезные меры для перехвата писем, которые будут ей тайно посылать».
За ужином в воскресенье, 30 мая, Ноллис прямо заговорил с Марией о ее предполагаемом участии в убийстве Дарнли, и «в своей обычной манере» она расплакалась. Три дня спустя он обсудил с Сесилом возможные места ее содержания под стражей — места, где «папизм не так силен, как у нас на севере», — от души надеясь, что не он окажется «постоянным тюремщиком» Марии. Шпионы Сесила донесли, что, по их подозрениям, она уже состоит в секретной переписке с Францией. Патовая ситуация затягивалась. Мария вела себя так, как если бы находилась на свободе, Ноллис же, со своей стороны, обязан был держать ее под постоянным наблюдением, одновременно он и Сесил пытались подготовиться к ее длительному заключению под стражей. Ноллис жаловался Тайному совету: ему вменили в обязанность следить, чтобы королева не сбежала, однако «у нас нет приказа оправдать ее или держать в заключении». Елизавета позволила событиям идти своим чередом, уверенная в том, что Сесил обеспечит ее безопасность. 8 июня она написала длинное письмо Марии, вновь заверяя в вечной любви и горячем желании увидеть, как она очистится от «обвинений, которые эти люди выдвинули против вас». Письмо было доставлено Миддлмором, новым посланником, «хорошо известным», однако, Марии.
Бездействие Елизаветы делало Марию все более нетерпеливой. Она намекала Ноллису, что использует свою вдовью долю — 12 тысяч фунтов стерлингов в год, — чтобы нанять солдат против Англии и Шотландии и удовлетворить «страстное желание пролить кровь своих врагов».