Одним из долговременных последствий отлучения Елизаветы от церкви стало усиление преследования католиков, и Мария не была исключением. Ее духовником был Ниниан Винзет, официально считавшийся ее секретарем, но его изгнали вместе с Джоном Лесли, епископом Росским, и поэтому в течение некоторого времени Мария была лишена утешения религиозных обрядов. Они были столь важной частью ее жизни, что лишившись их, она написала папе Григорию XIII в октябре 1575 года, прося о различных послаблениях. Мария желала, чтобы тайно посещавшему ее капеллану, иезуиту по имени Самери, было позволено давать ей отпущение грехов после исповеди. Она также просила, чтобы отпущение грехов было дано двадцати пяти католикам, посещавшим протестантские службы только из страха быть обнаруженными. Она просила прощения у папы за то, что не опровергала оскорбления со стороны еретиков. И наконец, она желала получить
Примерно в это же время Мария написала несколько поэтических строк в часослове, который она хранила при себе с тех пор, как приехала во Францию. Казалось, она использовала этот бесценный средневековый молитвенник как записную книжку, чтобы занять чем-либо время в моменты депрессии, и ее комментарии до крайности грустны. Многие записи, например, такие как «была ли чья-либо судьба грустнее, чем моя?», полны отчаяния и могли быть внесены на протяжении большого промежутка времени. Теперь она приняла свою судьбу — «Теперь я уже не та, что была раньше!» — и, кажется, рассматривала жизнь как нечто, что нужно претерпеть в ожидании смерти. Мария не была глубоким мыслителем, но эти строки показывают темную сторону ее характера. Сияющая улыбка и придворное очарование покинули ее, а тюремное заключение начало разъедать ее оптимизм. Через пять лет, в 1580 году, она, как считается, написала «Эссе о бедствиях», сборник кратких заметок, посвященных ее заключению, не имеющий четкого плана. Оно выглядит так, как если бы она начала собирать свои размышления и подкреплять их затем примерами. Поскольку ее лишили возможности выполнять долг, к которому «Господь предназначил меня с колыбели», Мария стремилась привести примеры жизненных бедствий — «столь хорошо знакомый мне предмет», — считая, что вряд ли кто испытал больше, и никто из правителей уж точно здесь с ней не сравнится.
Поэтому она начала с обоснования данного ей Богом права на власть и уникальности своего положения. Она изложила план — которому сама потом не стала следовать — рассмотрения душевных и физических страданий, после чего Господь, наконец, простит всех грешников. За неизбежными примерами из Писания следовало отступление к античным авторам и знаменитым случаям самоубийства. Она обвиняла «знатного и благородного государя, которого я имею честь числить среди своих родственников», в том, что тот запятнал «знаменитое имя», не исповедовавшись в небольшом бесчестье. Мария не сказала, кого из родственников имела в виду, но у нее был богатый выбор. Она завершила труд предупреждением о том, что хотя смирение есть великая добродетель, те, кто призван к величию, не должны избегать предназначенной им Богом обязанности. Вся работа, с ее многочисленными зачеркиваниями, пропусками и исправлениями, представляет собой написанную подростком версию ученой проповеди князя церкви, однако во время ее составления Марии было тридцать восемь лет и от нее можно было бы ожидать большей зрелости. Она больше не думала о побеге и возвращении к власти, и ее единственной надеждой на будущее была ее неколебимая вера в Бога и мелкие улучшения и послабления, предоставляемые узникам, заключенным в тюрьму пожизненно.