Надеждам Марии на улучшение положения английских католиков был нанесен сильный удар в июне 1580 года, когда из семинарий Дуэ и Рима начали прибывать первые миссионеры-иезуиты[117]. В Риме рассчитывали, что они объединят католиков и подвигнут их на поддержку захвата Марией престола и смещения, насильственного или иного, Елизаветы. Результат оказался полностью противоположным, поскольку почти все первые миссионеры попали в безжалостные руки Уолсингема и Топклиффа и закончили свои дни в жесточайших мучениях. Их изобразили предателями, намеревавшимися отдать Англию в руки испанцам и вновь разжечь костры времен Марии Тюдор. Кроме того, сама продемонстрированная ими в час смерти сила веры способствовала усилению представления о протестантской Англии как об осажденной крепости. А Бёрли с легкостью увидел в Марии Стюарт главного врага внутри крепостных стен.
Мария уже одиннадцать лет являлась нежеланной гостьей графа Шрусбери, и его жалобы на тяжелое финансовое положение становились все более пространными. Вино, специи и топливо обходилось ему в тысячу фунтов в год, а кроме того, «разбитая посуда, покупка оловянной утвари и всевозможных предметов домашнего обихода, которые они (свита Марии) портят и расходуют сверх всякой меры, обходится мне в одну тысячу фунтов в год». В августе 1580 года граф спрашивал, не оскорбил ли он чем-либо Елизавету и не является ли ее отказ возместить его расходы неким видом наказания. На это ему прислали резкий ответ, напомнив о его обязанностях. Хотя Шрусбери снизил расходы Марии до уровня голодного пайка, Лестер тихо предупредил его, что при дворе циркулируют слухи о его романтической связи с шотландской королевой.
Яков рассердил Елизавету, задержав ее посольство в Берике — это, скорее всего, была ошибка его чиновников, о которой он сам ничего не знал, — и этот инцидент был использован Елизаветой, а также секретарем «по делам Севера» Робертом Биллем, клерком Тайного совета и фанатичным врагом католиков, для того, чтобы еще больше ужесточить режим содержания Марии. Впредь ей позволялось писать Якову только при условии, что она покажет, что «не станет иметь дела с папистами, мятежниками, беглецами, иезуитами и прочими бунтовщиками, какие могут выступить против нынешнего положения дел в отношении правления и признанной религии и будут пытаться их изменить». Марии предписывалось прекратить все дела, которые она вела с иностранными государями, и убедить Якова в том, что Елизавета — его лучший друг. Это требование было слишком резким, и о нем тихо забыли.
От чего не отказались, так это от предложенного договора, согласно которому Мария и Яков должны были совместно править Шотландией. Мария должна была публично отказаться от всех претензий на английский престол, присоединиться к лиге против Франции, публично осудить буллу об отлучении Елизаветы от церкви, амнистировать англичан и шотландцев за все правонарушения и даже согласиться остаться в Англии в качестве «почетной» заложницы. Другими словами, подписавшись под двадцатью восемью пунктами договора, Мария отказалась бы от всего, на что претендовала, в обмен на ограниченную свободу. Однако втайне Марии посоветовали соглашаться на любые условия, лишь бы они принесли ей освобождение, и в любом случае испанский посол тайно предложил ей остаться в Англии. Если бы Филипп в союзе с герцогом Гизом решился начать «предприятие» — вторжение в Англию, — Мария оказалась бы на месте и смогла возглавить армию. К несчастью, Елизавета осознала, что может рассчитывать на лояльность Якова, не обещая ничего его матери, и делу не был дан ход.
Марию по-прежнему продолжали окружать ядовитые пары интриг, и она испытывала одну из немногих радостей, доступных узнице, наблюдая за ними из своей темницы. В мае 1582 года был арестован испанский агент, переодетый лекарем. Мария дала своим собственным агентам детальные инструкции относительно способов тайной переписки. Английские католики по-прежнему устраивали заговоры с целью убить Елизавету: один джентльмен из Уорикшира заявил своим друзьям, что собирается ехать в Лондон и там застрелить королеву. По прибытии его встретила стража и отвела в Тауэр. А в ноябре 1583 года был арестован Фрэнсис Трокмортон, еще один католик из числа беспокойных родственников бывшего посла. У него нашли список католиков-заговорщиков, а также информацию о местах возможной высадки армии вторжения. Он явно был человеком исключительной храбрости: только после семидесяти двух часов пытки он признался и «открыл секреты той, что для меня дороже всего на свете». На самом деле Мария ничего не знала об этом заговоре и все «секреты» были изобретены под пыткой.