16 сентября Мария написала матери письмо, будучи уже замужней женщиной. Как любая молодая жена, беспокоящаяся о здоровье мужа, отправившегося в военный поход, она сообщает Марии де Гиз, что король — «король, мой супруг» — находится с армией в Пикардии, где свирепствуют различные болезни. Вполне возможно, что посланники умерли от одной из них. Мария знала, что единственной целью кампании являются переговоры об освобождении Монморанси. Из-за бездетности Марии Тюдор Филипп вернулся в Испанию; он был готов к перемирию с Францией. А поскольку коннетабль Франции и другие знатные дворяне находились у него в плену и он знал, что Генрих II не может себе позволить крупную кампанию, то чувствовал: настало время усадить французского короля за стол переговоров.
Генрих II, который уже сделал всех шотландцев французскими подданными, мог теперь утверждать, что он по сути — король обеих стран. Шотландцы считали, что обретают равный с французами статус, но последние понимали: Шотландия просто становится колонией Франции. Учитывая это, а также и враждебность Филиппа к жене, Марии Тюдор, что делало невозможным помощь из-за Ла-Манша, Генрих II также был рад начать переговоры с Испанией.
Однако прежде чем это случилось, положение на шахматной доске европейской политики опять изменилось: 17 ноября 1558 года Мария Тюдор умерла. Она была безжалостно и жестоко отвергнута Филиппом как некрасивая, сексуально непривлекательная и бесплодная женщина, большинство ее подданных ненавидели ее из-за фанатичного католицизма — смерть многочисленных мучеников в годы ее царствования принесла ей прозвище «Кровавая». Она, вероятно, умерла от лихорадки, которая была в 1557 году самой распространенной причиной смерти. Этой трагической и несчастной женщине наследовала ее двадцатипятилетняя сводная сестра Елизавета.
Елизавета Тюдор была полной противоположностью Марии Стюарт. Ее наставником был Роджер Эшем, сказавший о ней: «Ее отличает подлинное усердие к учению и постижению истинной веры, ее усидчивость равна мужской, а память долго хранит то, что быстро схватывает. Она говорит по-французски и по-итальянски так же хорошо, как по-английски, и часто с живостью обращается ко мне на хорошей латыни, реже на греческом». Елизавета приобрела практический опыт в политике самосохранения, проведя некоторое время в Тауэре в 1554 году, когда ее кузина Мария Стюарт обустраивала свой двор во Франции. Ее детство было полно бедствий и смертельных угроз, а Мария купалась в безусловном обожании своих родственников. Советником Елизаветы и другом на всю жизнь стал преданный и восхитительно уклончивый Уильям Сесил. Вдвоем они составляли самую опасную политическую пару Европы.
Для Генриха II известие о восшествии на престол Елизаветы стало тяжелым ударом, и его первая реакция имела серьезные последствия для Марии. Он провозгласил Елизавету незаконнорожденной: развод ее отца с Екатериной Арагонской папа признал незаконным, поэтому, заключив брак с матерью Елизаветы Анной Болейн, Генрих VIII стал двоеженцем. Таким образом, английский престол был свободен, а ближайшим по крови претендентом была невестка Генриха II — Мария Стюарт. Герольды объявили ее королевой Шотландии, Англии и Ирландии, и с этого времени ее личный герб сочетал в себе элементы гербов всех трех стран. Поэты усердно трудились, прославляя Марию как новое чудо, объединяющее Францию и Шотландию с Англией, но в действительности удалось лишь разозлить Елизавету. Английский посол сообщал: «Молодая королева присвоила себе герб Англии не по собственной воле, но по приказу отца-короля и тем себя оправдывает. Ее Величество [Елизавета] считает это оправдание очень странным и недостаточным». Ни Сесил, ни Елизавета не поверили ни одному слову.
Более практичными оказались дипломатические договоренности Франции с Англией и Испанией в рамках Като-Камбрезийского мирного договора. Все три участника находились на грани банкротства и были истощены войной. На Генриха II оказывала сильное давление Диана де Пуатье, требовавшая добиться соглашения на освобождение Монморанси из тюрьмы в Брюсселе. Поэтому королю было необходимо задобрить Филиппа II. В обмен на мир Генрих II отказывался от всех своих завоеваний в Италии, от претензий на Савойю и предоставлял Англии возможность через восемь лет вновь получить Кале. Договор должны были скрепить брачные союзы. Сестре Генриха II Маргарите надлежало вступить в брак с Эммануилом Филибертом, герцогом Савойским, а подруга детства Марии принцесса Елизавета стала невестой недавно овдовевшего Филиппа Испанского. Оба союза были исключительно династическими, поскольку мнения женщин не спросили, а Мария теперь впервые почувствовала вкус реальной политики, подчинявшей себе государственные дела: после свадьбы Елизаветы она должна была потерять близкую подругу навсегда.