21 апреля Мария и Франциск как королева и король Шотландии направили Елизавете письмо, в котором выражали согласие с мирным договором и надежду на мир и дружбу, клялись в любви и уверяли ее, что она получит лишь хорошие новости от посланника, следовавшего в Шотландию в качестве советника королевы-регентши. Это был Уильям Мейтленд из Летингтона, которого Нокс нашел «рассудительным и остроумным человеком»; он представлял собой самого хитроумного политика Шотландии. Его прозвали «Майкл Вили» — искаженное от «Макиавелли»; впоследствии он станет первым министром Марии Стюарт в Эдинбурге. Он был способен дать Марии хороший совет, но всегда ставил на первое место интересы Шотландии и свои собственные в отличие от Дианы, дававшей Генриху советы исключительно в его интересах. У Марии не было такого советника.
Когда Елизавета поинтересовалась положением северного соседа, ей доложили: «Все крепости находятся в руках французов и королевы-регентши, а поскольку она француженка, то можно сказать, что все — во власти Его Наихристианнейшего Величества, который держит в тамошних гарнизонах двадцать тысяч пехотинцев. Этих сил достаточно, так как они за два дня могут послать туда так много войск, как только захотят». Французская армия представляла серьезную угрозу, и Елизавета была счастлива, что молодая чета подписала мирный договор между Англией и Шотландией, составленный в Апсеттлингтоне (Берикшир), без всяких упоминаний о претензиях на престол. Казалось, на том была подведена черта под Като-Камбрезийским миром, и Елизавета проинструктировала своего посла Николаса Трокмортона «держать себя по отношению к ним любезно». 28 мая 1559 года Мария и Франциск подписали договор, и поскольку Франциск в таких случаях очень сильно заикался, Мария от его имени объявила Елизавету «своей доброй кузиной и сестрой». Свидетелями выступили Генрих II и Екатерина в отсутствие почти всегда находившихся рядом дядей — Гизов.
Отсутствовали они и на последовавшем приеме, где Марию сопровождал недавно освобожденный из плена коннетабль Монморанси, который с удовольствием демонстрировал Трокмортону, что Франция верна договору. Трокмортон предупредил коннетабля, что его госпожа, королева Елизавета, «сочтет публичную демонстрацию гербов Марии неподобающей», особенно после того, как молодая чета подписала договор, отрицавший всякие наследственные права. Коннетабль уклонился от ответа, сказав, что находился в брюссельской тюрьме, когда делали гербы, а поскольку сама Елизавета имела на своем гербе французские лилии, то и шотландская королева могла вполне законно пользоваться английским гербом, ведь она принадлежит к английскому королевскому дому и близка к короне. Первая дипломатическая стычка закончилась мирно.
По возвращении Монморанси влияние Дианы опять возросло, и ее внучка вышла замуж за сына Монморанси. Все это очень не понравилось Гизам, особенно когда племянник Монморанси адмирал Колиньи (чин «адмирала» давали и солдатам, и морякам, так что по современным понятиям Гаспар де Колиньи был генералом) стал протестантом, что было близко сердцу Елизаветы. Генрих II считал: так как корона была католической, любое уклонение в сторону Реформации было не просто ересью, но чем-то гораздо худшим. Попросту говоря, оно было изменой, и с ней можно было бороться светскими методами, не прибегая к духовной власти дядей Марии, чье влияние на тот момент почти сошло на нет.
Трокмортон также заметил, что Мария плохо себя чувствовала; она вскоре вынуждена была удалиться от двора в состоянии нервного истощения. Он счел, что Мария и дочь Генриха II Маргарита «нездоровы», а 24 мая видевшие Марию говорили, что она была «очень бледна, лицо зеленоватое, дышит с трудом, а при дворе шепчутся, что она — не жилец». 18 июня один из слуг Марии сообщал: «Ей очень плохо, и, чтобы не дать ей потерять сознание, приходилось приносить ей вино с алтаря… Я никогда не видел, чтобы она выглядела такой больной… Она долго не протянет». На самом деле Мария страдала хлорозом, или «бледной немочью», — формой подростковой анемии, вызванной нерегулярностью менструального цикла.
Вести о близкой смерти Марии были, конечно, именно тем, что желала услышать Елизавета. Как и шотландцы, она ничего не знала о секретном договоре в Фонтенбло, хранившемся у Генриха II, и поэтому считала, что со смертью Марии шотландская корона перейдет к Шательро, которого легко купить. Следовательно, ее путь к подчинению страны к северу от Твида окажется беспрепятственным. Смерть устранила бы и неудобную претендентку на ее собственный трон, гербом заявлявшую о своих правах, ведь именно ее те, кто объявил Елизавету незаконнорожденной, считали истинной наследницей Генриха VIII. Верная Елизавете коллегия герольдов объявила герб Марии «наносящим ущерб достоинству и сану королевы».