Члены королевской семьи, пожалуй, меньше, чем кто-либо в королевстве, могли рассчитывать на тайну личной жизни, а поскольку их жизнь постоянно интересовала придворных, множились слухи о недомоганиях. Мария была уже взрослой девушкой, и всему двору наверняка был известен ее менструальный цикл, ведь придворные с нетерпением ждали вестей о ее беременности. Уже в декабре Ральф Сэдлер в Шотландии писал: «Ясно, что никаких детей у шотландской королевы не будет».
Мария была настоящим гурманом, и именно тогда Екатерина Медичи познакомила французов с итальянскими кулинарными рецептами, тем самым создав основу того, что мы теперь считаем французской кухней. В то время, однако, вес Марии не давал поводов для беспокойства, он сдерживался подвижным образом жизни и периодически — строгими диетами. Добавьте к этому приступы глубокой депрессии, случавшиеся, когда королеве пытались противоречить, и регулярные обмороки, и периоды постельного режима становятся более понятными. Некоторые из широко разошедшихся слухов о состоянии здоровья королевской четы были явным вымыслом, например слух от 15 ноября о том, что Франциск II заразился проказой; эта сплетня, вероятно, была порождена тем, что король периодически страдал от сильной экземы.
Впрочем, существовали и вполне реальные опасения за здоровье матери королевы, Марии де Гиз, которая серьезно заболела в Эдинбурге, столкнувшись с тем, что, по сути, было гражданской войной с лордами конгрегации. Мария де Гиз призвала в страну французские войска — так как после свадьбы Марии французы получили шотландское подданство, она могла утверждать, и даже не без основания, что эти войска не представляли собой иностранного вторжения, — но проигрывала войну. В феврале 1560 года лорды добились поддержки Елизаветы I благодаря Берикскому договору. Елизавета была только рада помочь людям, которые, вероятно, не всецело поддерживали узурпацию Марией ее титулов и гербов. В Англии поддержка, оказанная Елизаветой лордам конгрегации, стала известна как «Война инсигний». Елизавета «никогда не согласится, чтобы королевство Шотландия оказалось бы связано с Францией иначе, чем сейчас, то есть через брак королевы с французским королем». В начале месяца герцог де Гиз писал сестре, неискренне прося ее вывести французские войска из Шотландии, а когда Мария Стюарт 27 февраля встретилась с Трокмортоном, то попросила уверить Елизавету в том, что она, Мария, ее кузина, будет ей лучшей соседкой, чем мятежники. Утверждение звучит как уловка Гизов. Гизы знали, что их сестра проигнорирует письмо, таким образом позволив Марии Стюарт уверить Елизавету в своей дружбе. Ни Елизавета, ни Сесил не поверили бы столь явному обману, но им должно было польстить то, что Гизам пришлось на него пойти.
Так или иначе, Елизавете было не до тонкостей: в марте она потребовала, чтобы Мария «навсегда прекратила» использовать английский герб, и приказала ко 2 апреля вывести французские войска из Шотландии. Елизавета также призвала всех шотландцев признать Марию своей правительницей; все государственные должности следовало оставить в том виде, «в каком они существовали обычно в Шотландии», а все епископства и церковные владения передать прирожденным шотландцам. Другими словами, Елизавета требовала устранения всех чиновников-французов.
Затем 23 марта Сесил через Тайный совет отправил Елизавете меморандум. «Королева Шотландии, ее муж и семья Гизов являются смертельными врагами Ее Величества… Их злоба направлена против ее личности, и они не остановятся до тех пор, пока жива шотландская королева». Сесил, понимавший страхи своей госпожи, перешел от политических советов к предупреждениям об угрозе жизни королевы.