К 25 апреля, пробыв королевой меньше года, даже политически наивная Мария осознала, что непримиримость ее дядей может вылиться в потерю Шотландии. Она «горько плакала, приговаривая, что дяди погубили ее». Из самой Шотландии приходили дурные известия. 26 апреля в Эдинбурге Марию де Гиз едва не захватили лорды конгрегации. Венецианский посол Джованни Суриан сообщал, что, получив эти вести, Мария «безостановочно лила горькие слезы и в конце концов слегла от тоски и горя».
10 июня 1560 года, измученная постоянными сражениями с шотландской знатью и угрожавшими ее столице английскими войсками, Мария де Гиз умерла. Ее тело сильно распухло от водянки. В апреле она говорила французскому послу Анри Клётену, сеньору д’Уазелю, ставшему ее главным советником в Шотландии: «Я все еще хромаю, а моя нога распухла. Если нажать на нее пальцем, он проваливается в нее как в масло». Водянка — патологическое скопление жидкости, зачастую являющееся следствием расстройства сердечно-сосудистой системы, и королева-регентша скорее всего умерла от сердечной недостаточности. Ее тело было «одето в свинец» и 19 октября морем отправлено во Францию для похорон в женском монастыре Сен-Пьер в Реймсе, аббатисой которого была ее сестра Рене де Гиз.
Новость скрывали от Марии в течение двух недель — до 28 июня. Узнав обо всем, Мария впала в глубокое отчаяние, что вполне понятно. Известие о смерти матери принес ей дядя Шарль, кардинал Лотарингский, приходившийся покойной королеве-регентше братом. Венецианский посол писал дожу: «Ваша Светлость может себе представить грусть Гизов, братьев Ее Величества, а также и страдания наихристианнейшей королевы, удивительно сильно, более, чем другие дочери, любившей свою мать». После смерти самой Марии Стюарт самой большой ценностью оказался миниатюрный портрет ее матери.
Мария де Гиз прожила несчастливую жизнь. Протестант Джордж Бьюкенен в своей «Истории» писал: «Она обладала редкими талантами и умом, склонным к справедливости, однако находилась под сильным влиянием клана Гизов, определивших Шотландию в частную собственность их семьи». С ее смертью гражданская война в Шотландии практически закончилась, и Елизавета теперь могла продиктовать условия вывода своих войск. Эти условия превратились в Эдинбургский договор.
Эдинбургский договор был подписан 6 июля 1560 года после месячного торга. Мария поняла, что дяди и в самом деле погубили ее, хотя французский посол в Шотландии Шарль, сеньор де Рандан, умолял Екатерину Медичи заключить мир прежде, чем стоимость французских гарнизонов «полностью разорит и опустошит Францию». По условиям договора французские войска должны были покинуть Шотландию, укрепления Лита надлежало разрушить, долги французских войск полагалось выплатить. Елизавета признавалась истинной правительницей Англии, Франциск II и Мария должны были отказаться от всех претензий на английский престол, а Шотландией в отсутствие Марии отныне полагалось управлять совету знати; советникам полагалось «отправить нескольких лиц хорошего происхождения к королям, чтобы принять решение» о религии. Наконец, «французский король и королева согласно особому пункту обязуются перед королевой Англии соблюдать этот договор с шотландцами». Мария и Франциск II должны были ратифицировать договор в течение шестидесяти дней. Другими словами, Мария и Франциск обязаны были делать то, чего хотела Елизавета, в противном случае последняя имела право вторгнуться в Шотландию. Это был полный отказ от политики Гизов, отрицание всех претензий, выдвинутых Генрихом II и поддерживавшихся Екатериной.
Трокмортон был принят Марией 9 августа, и она впервые попросила его говорить на нижнешотландском наречии, чего не делала на публике уже много лет. Возможно, помимо желания поставить посла в замешательство — любимое развлечение королевских особ — Мария решила попрактиковаться в родном языке на случай возможного возвращения в Шотландию. 22 августа Мария приняла Трокмортона снова, на этот раз наедине. Мария сидела под балдахином, а Трокмортону подали низкий стул. Она уверила его в том, что подчинится решению мужа, «ибо его воля — моя воля». Эти две встречи показывают Марию в роли правящей королевы, полностью руководящей своим политическим курсом. Унизительные условия договора уязвили ее гордость и заставили обращаться с Трокмортоном как с незначительным посланником второстепенного двора. К его чести, Трокмортона это только позабавило, однако детская выходка Марии не понравилась Сесилу, которому было вовсе не до смеха.
Вновь возник слух о том, что Мария беременна, но Трокмортон решил, что причиной является