Трокмортон отметил, что испанский посол проводил с Марией больше времени, чем это требовали его дипломатические обязанности. Он также счел двор «сильно изменившимся… здесь нет никого из Гизов и очень мало их друзей». Однако за сценой братья Гизы маневрировали, чтобы получить доступ к Екатерине. Она же, слишком мудрая для того, чтобы вызвать их откровенную вражду, держала братьев на расстоянии вытянутой руки. Мария теперь была лишена возможности влиять на двор.
Одной из наиболее очевидных и насущных потребностей Марии было информировать о происходящем и, если возможно, замирить шотландских лордов. В январе 1561 года она отправила в Шотландию посольство, обещая вернуться и предлагая амнистию за все преступления, совершенные в ее отсутствие. Она не связывала себя определенными временными рамками, употребив освященную веками формулу: «Когда дела позволят». Тем временем она, как казалось Трокмортону, была «рада править, подчиняясь доброму совету и мудрым людям, что является великой добродетелью в государе или государыне и показывает, что она обладает разумом и великой мудростью». К несчастью, Мария не могла положиться ни на мудрых людей, ни на добрый совет; все вокруг нее действовали в собственных интересах, так что она покинула французский двор и перебралась к своим родственникам — Гизам.
В марте 1561 года Сесил, предполагая, что Мария может вернуться в Шотландию и тогда его северным соседом станет католическое королевство, отправил Томаса Рэндолфа в Эдинбург, с тем чтобы он «выведал у протестантских лордов их намерения относительно дружбы и доброй воли». Его инструкции послу содержали завуалированную угрозу — Шотландию могли принудить к «дружбе», но предполагалось также, что, пока их королева находится во Франции, лорды могли бы заключить формальный союз с Англией. Шотландским лордам также рекомендовали «убедить свою государыню выйти замуж дома или вообще не выходить замуж без серьезных гарантий». Эту рекомендацию в ближайшем будущем повторит Елизавета.
Папа Пий IV, несколько приукрашивая действительность, обратился к Марии как к правящей королеве в своем письме от 6 марта 1561 года — первом из многих, — в котором просил ее поддержать Тридентский собор, отправив на него своих послов. Это означало бы молчаливую поддержку Контрреформации, и Мария избежала данной проблемы, ничего не предприняв. Девять месяцев спустя, 3 декабря, Пий IV написал снова, напоминая ей о долге католички и обещая оказать духовную поддержку и послать к ней легата Николаса де Гауду, чтобы укрепить ее решимость. И опять Мария не ответила.
В конце марта 1561 года Мария находилась в Реймсе у своей тетки Рене де Гиз, аббатисы монастыря Сен-Пьер де Дам, где была похоронена ее мать. Она ненадолго остановилась в Париже, где составила опись личных драгоценностей и предметов гардероба, так что она явно планировала покинуть двор.
Тому обстоятельству, что Мария была фактически изгнана от двора Екатериной, придавалось слишком большое значение. Пятнадцать лет спустя испанский посол Дельбена «долго перечислял прошлые события, чтобы показать, что королева-мать никогда не любила шотландскую королеву». Молодой шотландский дворянин Джеймс Мелвилл из Халхилла, паж коннетабля Монморанси, сообщал: «Королева-мать рада избавиться от правления дома Гизов и из-за них самих, и потому, что терпеть не может нашу королеву». Правда, однако, была куда проще. Мария была восемнадцатилетней вдовой, не имевшей при дворе близких родственников. При ней все еще находились ее четыре Марии, но они представляли собой нечто среднее между личными слугами и друзьями детства. Марии же, попросту говоря, нужен был кто-то, кому можно поплакаться, и Рене подходила на эту роль идеально. В монастыре Мария могла обрести покой до тех пор, пока не высохнут ее слезы, — по крайней мере, на первое время.
Целью Марии был Жуанвилль в Лотарингии, замок семьи Гизов, поэтому Трокмортон впал в панику — он опасался, что королева направится на восток, навстречу Фердинанду I, эрцгерцогу Австрийскому и императору Священной Римской империи, у которого было два сына брачного возраста. Трокмортон повторил Елизавете, что, если речь идет о Марии, «именно ее религия делает ее дружбу столь ценной. В настоящий момент она [Елизавета] находится в мире со всеми, и никто, кроме королевы Шотландии, не грозит ей войной». Сесил полностью разделял эти взгляды.