Заводской номер 247. 20 июля 1938 года подводная лодка была спущена на воду, и 20 ноября 1939 года вступила в строй. Начало Советско-финской войны М-96 встретила в составе 26-го Дивизиона подводных лодок Краснознаменного Балтийского флота в Пальдиски, проходя ходовые испытания, поэтому участия в Боевых действиях не принимала. 12 декабря 1939 года подводная лодка вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота. После ее окончания прошла гарантийный ремонт и осуществляла Боевую подготовку, по результатам которой М-96 вышла в 1-ю линию, а награжденный памятным подарком (золотыми часами) А.И. Маринеско был записан в отчете в числе лучших восьми командиров-подводников КБФ.
В мае 1941 года М-96 прошла докование с установкой системы БТС в Таллинне, 30-го мая перешла в бухту Триги (Ханко), где поступила в распоряжение Коменданта Береговой обороны Балтийского района (БОБР). С 14 июня 1941 года М-96 несла дозор перед устьем Финского залива и наблюдала массовый уход немецких судов из винских портов. Переданное А.И. Маринеско об этом сообщение стало одним из сигналов о том, что война может начаться в ближайшие дни. На Ханко М-96 вернулась в 19.20 21-го-июня, а спустя несколько часов по флоту была объявлена Боевая готовность №-1. Так подводная лодка М-96, под командованием А.И. Маринеско, встретила Великую Отечественную войну.
С началом военных действий командование Краснознаменного Балтийского флота боялось артиллерийского удара по Ханко, в связи с чем, был издан приказ всем подводным лодкам 8-го Дивизиона перейти в Пальдиски. М-96 осталась в базе из-за поломки дизеля и не смогла совершить переход в Усть-Лугу совместно с другими подводными лодками Бригады, и прибыла туда только 5 июля. Дизель удалось отремонтировать, и 18-го июля вместе с тремя подводными лодками М-96 прибыла в Таллинн, откуда перешла обратно в Триги в распоряжение коменданта БОБРа. Комендант БОБРа направил подводную лодку в западную часть Рижского залива, где по расчетам М-96 должна была действовать против немецких конвоев, курсировавших между Виндавой и Ригой. Поход с 27 по 31 июля 1941 года оказался безрезультатным. 30-го июля лопнул обод кулачной муфты, муфта вышла из строя и М-96 вернулась в базу.
7 августа 1941 года подводная лодка стала на ремонт на 196-м заводе, но поскольку работы решили совместить с перегрузкой аккумуляторной батареи, срок готовности сместился до конца месяца. 26 августа вышел приказ Наркома ВМФ о перевозке подводной лодки на Каспий. М-96 перевели на «Северную верфь» и выгрузить механизмы, и тогда выяснилось, что из-за установившейся плотной блокады выполнить приказ не удастся. Подводную лодку удалось быстро отбуксировать на «Судомех», где до 10 ноября ее вернули в боеспрособное состояние. Из-за этого подводная лодка не смогла принять участия в осенних походах.
1 сентября 1941 года М-96 вошла в состав 5-го Дивизиона Бригады подводных лодок КБФ. В октябре 1941 года А.И. Маринеско был исключен из кандидатов в члены ВКП(б)
Большой объем технических работ, выполненных осенью, позволил экипажу М-96 завершить программу зимнего судоремонта к 17 января 1942 года. Первую блокадную зиму подводная лодка провела в Ленинграде. 14 февраля 1942 года при стоянке у Тучкова моста в М-96 попал снаряд, в результате чего в прочном стыке IV и V отсеков образовалась пробоина 15х13 сантиметров, заделать которую изнутри оказалось невозможно. Вахтенные подводной лодки герметизировали все переборочные двери, благодаря чему М-96 с двумя полностью затопленными отсеками держалась на плаву. Через нсеколько часов с внешней стороны удалось завести пластырь, а затем откачать всю воду. Хотя непосредственно самими снарядом были перебиты только несколько кабелей и трубопроводов, вода Невы вывела из строя все оборудование отсеков, включая дизель, распределительную электроподстанцию и вторую группу АБ. Многомесячный ремонт велся силами личного состава, затем на заводе «Судомех», а для заделки пробоины подводную лодку в начале июля 1942 года подняли на гинях спасательного судна «Коммуна».