Второй поход кампании 1943 года проходил в районе острова Гогланд. Днем 28 августа подводная лодка прибыла на позицию, и на следующую ночь высадила на Гогланде группу разведчиков. 30 августа М-96 сместилась к маяку Тийскери, где неоднократно обнаруживала сторожевые катера противника. В ночь на 1 сентября подводная лодка высадила на Гогланде вторую разведгруппу, после чего направилась в базу.
Кампанию 1944 года М-96 начала 18 июня. Подводная лодка перешла по Неве в Ладожское озеро, где сделала один поход к острову Валаам в целях разведки и прикрытия десанта войск Карельского фронта у Тулоксы.
13 июля подводная лодка возвратилась в Ленинград. 18 августа 1944 года, при выходе в Боевой поход, М-96 легла на грунт в ожидании сумерек. Начался шторм, в результате удара о грунт подводная лодка повредила киль, и ей пришлось вернуться в Кронштадт на ремонт.
В свой последний Боевой поход с задачей разведки минных заграждений в Нарвском заливе М-96 вышла 7 сентября 1944 года. На борту подводной лодки в качестве обеспечивающего в море вышел оператор Бригады подводных лодок капитан 2 ранга Н.Н. Бутышкин. В базу подводная лодка не вернулась. Вероятно, М-96 погибла, подорвавшись на мине заграждения «Zeeigel» в Нарвском заливе 7–9 сентября 1944 года. Вместе с М-96 погибло 22 подводника.
Подводная лодка М-96 совершила семь Боевых походов, произведена одна безуспешная торпедная атака с выпуском одной торпеды. Вошла в историю как подводная лодка, бывшая первой подводной лодкой, которой командовал Александр Иванович Маринеско.
Тактико-Технические Данные подводной лодки М-96:
Водоизмещение: надводное/подводное — 206/256 тонн. Размеры: длина — 44,5 метров, ширина — 3,3 метра, осадка — 2,58 метра. Скорость хода: надводная/подводная -14/8,2 узлов. Дальность плавания: над водой 3440 миль при 9 узлах, под водой 110 миль при 2,8 узлах. Силовая установка: дизель 800 л. с., электромотор 400 л. с. Вооружение: 2 носовых 533-мм торпедных аппарата (2 торпеды), 145-мм орудие 21-К. Глубина погружения: до 60 метров. Экипаж: 20 человек.
Подводная лодка IX-бис серии заложена 19 октября 1938 года на заводе №-112 (Красное Сормово) в Горьком (Нижний Новгород) под заводским номером 263. 25 апреля 1939 года подводная лодка спущена на воду и 11 июня 1941 года начала переход на Балтику по Мариининской водной системе в Ленинград. 22 июня 1941 года подводная лодка встретила под командованием старшего лейтенанта П.П. Маланченко в составе Учебной бригады подводных лодок. Начало войны застало С-13 в городе Вознесенье. 25 июня подводная лодка прибыла в Ленинград.
До 31 июля подводная лодка проходила ходовые испытания, 14 августа 1941 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского Флота. 30 августа С-13 включена в состав 1-го Дивизиона 1-й Бригады подводных лодок КБФ. Подводную лодку предполагалось перебазировать на Север, для чего в первую половину сентября С-13 прошла ДО-Кование. Подводная лодка была готова к переходу, когда немцы блокировали Ленинград с суши, и С-13 осталась на Балтике.
Благополучно перезимовав первую блокадную зиму в Ленинграде, в свой первый Боевой поход на позицию в Ботническом заливе С-13 вышла 2 сентября 1942 года. В этом году советские подводные лодки в этот район еще не проникали. Обеспечивать поход в море вышел командир 1-го Дивизиона подводных лодок капитан 2 ранга Е.Г. Юнаков. До точки погружения С-13 сопровождали тральщики и сторожевые катера. В 02.30 эскорт оставил подводную лодку, и она продолжила движение самостоятельно. Вечером 3 сентября у маяка Хельсинки при подъеме перископа подводная лодка дважды обнаруживалась сторожевым катером противника, который сбросил на нее семь глубинных бомб. В ночь на 8 сентября С-13 завершила форсирование Финского залива, и вечером следующих суток вышла в Аландское море. Днем 11 сентября подводная лодка была в Ботническом заливе, в котором противник не ожидал действий советских подводных лодок в этом районе. На исходе текущих суток, С-13 обнаружила финский пароход «Gera» с грузом угля для Финляндии. Первая торпеда прошла мимо, и тогда подводная лодка открыла артиллерийский огонь (выпущено тринадцать 100-мм снарядов). Транспорт застопорил ход и, получив еще одну торпеду, утонул. Спустя три часа подводная лодка потопила финский транспорт «Ussi X», перевозивший штучный груз в Кёнигсберг. Из 22 членов экипажа судна спасся лишь один матрос. Патрулируя в заданном районе, С-13 имела несколько шансов потопить вражеские суда, но атаки срывались из-за ошибок личного состава, а утром 17 сентября при попытке атаковать С-13 выбросило волной на мелководье.