Вечером 17 сентября С-13 выпустила торпеду по голландской парусно-моторной шхуне «Anna B», но торпеда прошла мимо цели, а от второй торпеды судно увернулось. Из 100-мм орудия подводной лодки было выпущено 24 снаряда. После того как транспорт загорелся, была выпущена еще одна торпеда, прошедшая под носовой частью судна. Горящая шхуна сдрейфовала к берегу, где спустя шесть дней полностью выгоревшей была обнаружена финнами, и в итоге была разобрана. При атаке подводной лодки на судне погибло пять человек. Продолжая патрулирование, С-13 неоднократно обнаруживала как одиночные суда, так и конвои противника, но атаки по разным причинам срывались. 4 октября подводная лодка произвела торпедную атаку по конвою, но неудачно. Вечером 10 октября С-13 начала возвращение в базу. У острова Вайндло 15 октября подводная лодка подверглась атаке финских сторожевых катеров VMV13 и VMV15. От близких разрывов глубинных бомб подводная лодка получила повреждения: вышли из строя гирокомпас и эхолот, на 28° влево заклинило вертикальный руль, треснуло несколько баков аккумуляторных батарей, через выбитый штуцер глубиномера внутрь подводной лодки стала поступать забортная вода. С-13 легла на грунт, где на 60-метровой глубине в течение шести часов проводила ремонт.
Ввести в строй руль так и не удалось, и оставшийся отрезок пути подводной лодке пришлось идти, управляясь электромоторами. Вечером 17 октября на буксире катера МО-124 и тральщика №-34 подводная лодка приведена на Лавенсари. 19 октября С-13 благополучно прибыла в Кронштадт. 22 октября подводная лодка перешла в Ленинград для ремонта и зимовки. За успешный Боевой поход десять человек, включая командира и командира Дивизиона, были удостоены ордена Ленина, шестнадцать человек — Красного Знамени, восемнадцать — Красной Звезды и два подводника — медали «За отвагу».
19 апреля 1943 года во время артиллерийских учений задрайка крышки кранца первых выстрелов случайно ударила по капсулю одного из снарядов. Порох в гильзе взорвался, один краснофлотец погиб. Результатом происшествия,
1 октября 1944 года С-13 вышла из Кронштадта и утром 8-го октября заняла позицию севернее полуострова Хель. На следующее утро в 25 милях северо-восточнее маяка Риксфест был обнаружено каботажное судно «Zigfrid», которое ввиду неудачной торпедной атаки было повреждено артиллерией (выпущено тридцать девять 100-мм
и пятнадцать 45-мм снарядов) и выбросилось на отмель у косы Хель. 13 октября на подводной лодке приняли приказание о переразвертывании к м. Брюстерор. 11-го, 15-го и 21-го октября акустик С-13 трижды фиксировал шумы кораблей противника, но до атак дело не дошло.
21 октября С-13 перешла к Виндаве, но спустя четыре дня был получен приказ в светлое время суток находиться на юго-западных подходах к бухте Лыу (о. Сааремаа) — в районе, откуда24-го октября тяжелые корабли Krigsmarine вели бомбардировку советских частей на полуострове Сырве. А.И. Маринеско оставался в бухте и в темное время суток. С учетом того, что в этот момент обстановка на сырве временно стабилизировалась, и крейсера противника не появлялись, ни одной цели для атаки обнаружить не удалось. 11 — го ноября 1944 года С-13 ошвартовалась у причалов Ханко, в начале декабря прошла докование в Хельсинки, после чего с 22 декабря находилась на Ханко. Отмечая смелость А.И. Маринеско, проявленную при артиллерийской атаке «Zigfrid», командир Бригады подводных лодок Верховский все-таки остался недоволен пассивностью при обнаружении шумов и неправильной организации поиска, поэтому поставил за поход лишь удовлетворительную оценку. А.И. Маринеско был награжден орденом Боевого Красного Знамени.
Скоро из-за поведения командира С-13 стал вопрос о предании его суду военного трибунала. В политдонесении было написано:
Дело дошло до командующего КБФ, который принял решение — провести суд после возвращения из очередного похода.
В последующем политдонесении писалось: