Политическая деятельность Богданова с самого начала была теснейшим образом связана с его литературными и педагогическими интересами. В результате пропагандистской деятельности молодого Богданова в подпольных рабочих кружках Тулы в 1897 году появился его «Краткий курс экономической науки» – первый учебник политической экономии, предназначенный для рабочих. Книга много раз переиздавалась вплоть до конца 20-х годов и использовалась в качестве учебника в советских партийных школах. Это одна из немногих книг Богданова, переведенных на иностранные языки. Следующее произведение – «Основные элементы исторического взгляда на природу» (1899) – также явилось прямым результатом педагогической деятельности автора в рабочих кружках. После многих лет, проведенных в тюрьме и ссылке в Калуге и Вологде (период исключительно плодотворный для его писательской деятельности), он в 1904 году эмигрировал в Швейцарию. Здесь Богданов, уже в октябре 1903 года, примкнув к группе большевиков, впервые встретился с Лениным. Последний в 1898 году (в журнале «Мир Божий») приветствовал как «замечательное явление в нашей экономической литературе» «Краткий курс экономической науки», подчеркнув и превознеся тот факт, что «автор последовательно держится исторического материализма»[156]
. В Женеве Богданов становится союзником Ленина в борьбе против меньшевизма. Они вместе занимаются подготовкой издания печатного органа большевистской фракции, который выходит в Женеве с 4 января 1905 года под названием «Вперед», а затем под названием «Пролетарий». Богданов вводит в члены новой редакции некоторых своих товарищей по ссылке, таких, как Луначарский, В.А. Базаров (Руднев), И.И. Скворцов-Степанов, в тот период неизвестных Ленину. Сам Богданов вернулся в Россию с целью использовать свои многочисленные знакомства и найти средства для финансирования журнала.Еще в Женеве вместе с Лениным, М.Н. Лядовым, М.М. Литвиновым и некоторыми другими Богданов был избран в Бюро комитетов большинства – новый орган, который должен был функционировать наряду с Центральным Комитетом РСДРП в качестве своего рода верховного органа большевистской фракции и некоторое время спустя стал известен как Большевистский центр. В России Богданов вопреки оппозиции меньшевиков ведет подготовку III съезда партии, состоявшегося в Лондоне 25 апреля – 10 мая 1905 года. Богданов был избран в Центральный Комитет наряду с Лениным и Л.Б. Красиным; одновременно его назначили главным ответственным за литературную работу Центрального Комитета в России. В Петербурге он представлял Центральный Комитет в первом Совете рабочих депутатов и вместе с Красиным занимался организацией боевых партийных групп (боевая техническая группа), которые позднее примут участие в пресловутых экспроприациях, организованных большевиками на Урале и на Кавказе для пополнения партийной кассы. В октябре 1905 года Богданов вместе с Красиным, Румянцевым, Горьким, Базаровым, Луначарским и Лядовым основал в Петербурге первую легальную ежедневную газету большевиков – «Новая жизнь».
Уже благодаря тому, что Богданов находился в России с самого начала революции, он был более осведомлен о ее ходе, чем Ленин, вернувшийся на родину лишь в ноябре 1905 года. Более того, в этот период Богданов был известен в рабочей среде настолько шире, чем Ленин, что в 1905 году его считали вождем большевиков. Арестованный вследствие роспуска в декабре 1905 года Петербургского совета, он на IV съезде партии, проходившем в Стокгольме в апреле 1906 года, был избран, находясь еще в тюрьме, членом Центрального Комитета. После освобождения в мае следующего года он поселяется вместе с женой, Лениным и Крупской в деревенском доме в Куоккала в Финляндии неподалеку от русской границы. Здесь Богданов выполняет функции связного между Центральным Комитетом и большевиками – депутатами Второй думы. На V съезде РСДРП, проходившем в Лондоне в мае 1907 года, он выступает с блестящими докладами по проблемам организации и практики руководства, а также, и главным образом, по проблемам литературной пропаганды. В отличие от Ленина его вновь избирают в Центральный Комитет. Кроме того, он – член Большевистского центра, который создал руководство «Пролетария» и определял впоследствии тактику большевиков.