В условиях военного времени и действий вражеских разведчиков и диверсантов НКГБ СССР, возглавляемый тогда В. Н. Меркуловым, издает директиву № 168 «О задачах органов госбезопасности в условиях военного времени». Негласный штатный аппарат мобилизуется для нелегальной работы в условиях оккупации. Основной задачей контрразведчикам ставится организация совместно с органами НКВД партизанских отрядов и боевых групп подпольщиков. В случае отхода армии работникам НКГБ приказано оставаться на своих постах и бороться с врагом «всеми возможными способами до последней капли крови». НКВД, в свою очередь, издает инструкцию для Северо-Западного фронта о борьбе с дезертирами, трусами и паникерами.
В документе, в частности, предписывалось: «Особые отделы дивизии, корпуса, армии в борьбе с дезертирами, трусами и паникерами осуществляют следующие мероприятия: а) организуют службу заграждения путем выставления за сад, постов и дозоров на войсковых дорогах, дорогах движения беженцев и других путях движения, с тем чтобы исключить возможность какого бы то ни было просачивания военнослужащих, самовольно оставивших боевые позиции; б) тщательно проверяют каждого задержанного командира и красноармейца с целью выявления дезертиров, трусов и паникеров, бежавших с поля боя; в) всех установленных дезертиров немедленно арестовывают и ведут следствие для предания их суду военного трибунала. Следствие заканчивать в течение 12-часового срока; г) всех отставших от части военнослужащих организовывают по-взводно (по-ротно) и под командой проверенных командиров в сопровождении представителя особого отдела направляют в штаб соответствующей дивизии; д) в особо исключительных случаях, когда обстановка требует принятия решительных мер для немедленного восстановления порядка на фронте, начальнику особого отдела представляется право расстрела дезертиров на месте. О каждом таком случае начальник особого отдела доносит в особый отдел армии и фронта; е) приводят в исполнение приговор военного трибунала на месте, а в необходимых случаях перед строем; ж) ведут количественный учет всех задержанных и направленных в части и персональный учет всех арестованных и осужденных; з) ежедневно доносят в особый отдел армии и особый отдел фронта о количестве задержанных, арестованных, осужденных, а также о количестве переданных в части командиров, красноармейцев и материальной части».
Западную часть Москвы с лета 1941 года охраняли части НКВД, здесь же стояли солдаты Московского военного гарнизона и инженерные части. Основной задачей постов являлось выявление дезертиров и паникеров, причем караульные получили приказ расстреливать без суда и следствия. По воспоминанию одного из участников, в октябре 1941 года к столице стали подходить отступающие группы солдат и офицеров Красной армии. На посту в двадцати километрах от Москвы их останавливали и арестовывали. У кого не было документов, отправляли для установления личности, тех, кто их имел, – в формируемую воинскую часть в Завидово.
В один из дней появилась ориентировка на полковника Красной армии, представляющегося офицером штаба Московского округа и отдающего ложные приказы. Предписывалось арестовать или застрелить его. А вечером произошло интересное событие.
Со стороны фронта к посту подъехали две черные легковые машины; солдат, стоявший на дежурстве, поднимает автомат и приказывает выйти всем из машин. В этот момент дверь автомобиля распахивается, выскакивает майор НКВД и кричит: «Ты что, не видишь, кого останавливаешь?». Открывается дверь второй машины, и оттуда слышится: «Отставить!». Выходит офицер в черном кожаном длинном пальто, под которым форма без знаков различия. «Я – генеральный комиссар наркомата внутренних дел Лаврентий Павлович Берия», – сказал вышедший офицер и полез во внутренний карман за удостоверением. В этот момент к бдительному солдату подскочил командир поста и выбил оружие у часового, которого скрутили подбежавшие сослуживцы. «Верните оружие часовому, – приказал Берия и продолжил: – Сейчас нам дорог каждый боец. Доложите обстановку!» После рапорта Лаврентий Павлович быстро сел в машину и уехал. Один из сопровождавших его офицеров перед отъездом спросил фамилию солдата, и на следующее утро отличившемуся бойцу от имени наркома вручили грамоту и личную благодарность.
Кроме того, в прифронтовой зоне НКВД проводили мероприятия по выселению социально опасных и неблагонадежных лиц, причем те выселялись семьями в полном составе. В числе таких лиц значились кулаки, осужденные за контрреволюционные преступления, имеющие родственников в Германии и Финляндии, враждебно настроенные против Советской власти и уголовные преступники.
Более конкретные задачи перед Л. П. Берией ГКО поставил в феврале 1942 года.