На вопрос Павлова «А меня куда?» вскоре последовал ответ. Он был арестован и после недолгого следствия по приговору Верховного суда «за трусость, самовольное оставление стратегических пунктов без разрешения высшего командования, развал управления войсками, бездействие власти» был приговорен к расстрелу. Вместе с ним были расстреляны: начштаба фронта генерал-майор В.Е. Климовских, начальник связи фронта генерал-майор А.Т. Григорьев, начальник артиллерии фронта генерал-лейтенант Н.А. Клич, командир 14‐го мехкорпуса генерал-майор С.И. Оборин, командующий 4‐й армией генерал-майор А.А. Коробков.
Командующий ВВС фронта генерал И.И. Копец застрелился в своём служебном кабинете ещё в первый день войны, узнав о потерях — 738 самолётов (из них 528 на земле).
Через три дня после назначения А.И. Ерёменко командующим фронтом было создано Западное направление, которое противостояло группе армий «Центр», рвущейся через Смоленск на Москву. Западное направление, включало в себя несколько фронтов, в том числе и Западный. Возглавил его бывший нарком обороны маршал С.К. Тимошенко. Таким образом, Ерёменко как командующий Западным фронтом стал его первым заместителем.
21 июля 1941 года Сталин вызвал в Кремль Б.М. Шапошникова. Вечером того же дня Маршал Советского Союза вылетел на фронт и возглавил штаб Западного направления. Но уже 30 июля Верховный главнокомандующий отозвал его обратно в Москву и назначил начальником Генштаба РККА.
Накануне после доклада Г.К Жукова в Кремле случилось непредвиденное. Он был отстранён от должности начальника Генерального штаба и назначен командующим Резервным фронтом для организации контрудара под Ельней.
Камнем преткновения стало предложение о сдаче Киева. Жуков считал, что, исходя из сложившейся военно-стратегической обстановки, город нужно оставить ради сохранения войск. Сталин как руководитель страны требовал защищать каждую пядь родной земли. Сдача столицы советской Украины была для него немыслима.
В результате случилась перестановка, принёсшая пользу делу. Лучший войсковой полководец был направлен руководить войсками, а лучший штабной полководец Б.М. Шапошников назначен начальником Генерального штаба. Ему предстояло найти выход из катастрофического положения.
Средний темп наступления немецких войск составил по 15–20 километров в сутки. В приграничных сражениях были разгромлены несколько советских дивизий. В окружение попали сотни тысяч солдат. Общие потери к 30 июля составили около шестьсот тысяч человек. Огромны были потери в авиации и наземной боевой технике. Возместить такие колоссальные потери быстро было невозможно. Боеспособных частей, чтобы остановить стремительно развивающееся наступление вермахта не осталось. Управление воинскими частями на уровне фронт — армия и армия — дивизия зачастую была нарушена.
Вот в таком положении Борис Михайлович Шапошников возглавлял Генеральный штаб, а Иосиф Виссарионович Сталин Наркомат обороны СССР. Заменив на этих важнейших должностях соответственно Г.К. Жукова и С.К. Тимошенко, которые были направлены на другие участки борьбы с фашистами. И тем самым избежали участи командования Западного фронта.
После нескольких скорых расправ в начале войны Сталин предпочёл сохранять опытных военачальников. Не справившихся с поставленной задачей командиров переводили на другие, как правило, более спокойные или менее значимые участки. Часть из таких переведённых командиров восстанавливала доверие Верховного главнокомандующего и возвращалась на прежний уровень. В случае дальнейших успешных действий они поднималась выше. Таких примеров во время Великой Отечественной войны было немало.
«Сборы на фронт были недолгими, — вспоминает Жуков. — Вскоре в Генштаб прибыл Б.М. Шапошников. После сдачи ему обязанностей начальника Генерального штаба я выехал в район Гжатска, где располагался штаб Резервного фронта. Здесь только что закончилось укомплектование армий и составлялся расчёт дополнительных средств для фронта».
Прежде всего, необходимо было наладить управляемость войсками, потерянную в первые дни войны. По указанию Б.М. Шапошникова было разработано и введено в действие 10 августа 1941 года положение о работе фронтовых управлений и управлений Генерального штаба. В соответствии с этим положением специальной директивой было определено, что командования фронтов обязаны представлять Генштабу боевые донесения и оперативные сводки не позднее 2 часов ночи, а срочные донесения исключительно важного характера — передавать лично дежурному заместителю начальника Генерального штаба. Это и ряд других мероприятий способствовали повышению организованности в работе штабов, обеспечению более устойчивого управления войсками.
Несмотря на новое Положение, Шапошникову «приходилось переживать горькие минуты. В высшей степени деликатный, Борис Михайлович часто брал на себя вину подчиненных за несвоевременную информацию».