Развитие масонства в России после его восстановления в правах Александром I развивалось как бы по расходящимся рельсам. Придворный Жеребцов, мать которого участвовала в организации убийства Павла I, в 1802 году открыл в Петербурге ложу «Соединенные друзья». Ложа действовала на французском языке (сам Жеребцов был принят в масоны в Париже, будучи там русским консулом). В ложе участвовали брат императора Константин Павлович, герцог Вюртембергский, граф Костка-Потоцкий, граф Остерман-Толстой, граф Нарышкин — церемониймейстер двора, граф Балашов — будущий министр полиции Александра I, и граф Бенкендорф (он стал шефом жандармов при императоре Николае I). Такой состав не очень-то соответствовал провозглашенным в ложе целям «стереть между человеком обличья рас, сословий, верований, воззрений… объединив все человечество узами любви и знания». Позже к ложе примкнул уроженец Венгрии Игнац Аурелиус Фесслер, известный международный масон, основатель ритуала, носящего его имя. Он был приглашен в Россию государственным деятелем М. М. Сперанским, крупным масоном, описанным Л. Н. Толстым, для преподавания еврейского языка в духовной академии Петербурга.
В 1803 году в Петербурге была открыта аристократическая ложа «Нептун» под руководством сенатора Голенищева-Кутузова. Полагают, что в том же году был принят в масонство и сам император (позже он был принят и в польское масонство). Это объясняет, почему в 1805 году он дал согласие открыть на базе бывшей ложи шведского обряда «Пеликан к благотворительности» ложу, носившую уже его имя—»Александра благотворительности к коронованному Пеликану». Состояла она преимущественно из немцев.
В июне 1809 года в честь его жены была образована ложа «Елисаветы к добродетели».
Ложи плодились одна за другой, переформировывались. В этом процессе участвовали и «новиковцы», которые в доме Поздеева (выведенного в романе Л. Н. Толстого «Война и мир» под именем Баздеева) собирались в Москве в «теоретической», то есть высшего градуса, ложе «К мертвой голове». Один из «новиковцев» — Лабзин стал выпускать журналы «Сионский вестник», «Друг юношества». Граф Виельгорский (изображенный Толстым как граф Вилларский) руководил «ложей Палестины».
Эту сеть лож возглавила созданная с разрешения императора в 1810 году «Великая директориальная ложа Владимира к порядку».
Все это происходило накануне нашествия Наполеона на Россию, начала войны, имевшей глубокое историческое значение для развития национального самосознания, общественной мысли. Несомненно, что огромные усилия, предпринятые для защиты страны русским народом, ускорили вызревание демократических, антикрепостнических идей. Эти веяния коснулись масонских лож, представители которых во время похода через Европу за отступающими войсками Наполеона вступили в контакт с масонами, пережившими французскую революцию, разделяющими ее идеи. Многие офицеры-дворяне были приняты в масоны в парижских ложах. Но это не умерило искренность патриотических порывов, проявленных многими русскими масонами в Отечественной войне с Наполеоном, настроения, которые сочетались с желанием ликвидировать крепостное право, создать для своего народа условия для приобщения к культуре. Собственно, к этому были направлены и первоначальные устремления Новикова, основателя русского театра масона Волкова, архитекторов Баженова и Воронихина.
После войны в рядах российского дворянства создались очаги свободомыслия, движения, которое по дате вооруженного выступления против монархии 14 (26) декабря 1825 года на Сенатской площади в Петербурге было названо декабристским.
По мере вызревания замысла декабристов те основные их руководители, которые были связаны с масонством, покинули ложи, где ранее состояли. Но идеи «свободы, равенства, братства» многие из них восприняли вместе с масонскими воззрениями, которые привели к Марату, Робеспьеру, якобинцам.
Один из главных руководителей декабристов Павел Пестель вступил в масонство в 1812 году, когда началось наполеоновское нашествие. Он был принят в привилегированную ложу «Соединенные друзья» в Петербурге, которая работала по французской системе. В 1816 году он перешел в ложу «Трех добродетелей», имея пятую степень «шотландского» масонства. Здесь же оказались его будущие соратники по выступлению — Трубецкой, Волконский, Муравьев-Апостол. Ряд декабристов состоял в ложе «Соединенные славяне» в Киеве, которая объединяла русских и поляков. Масонами были декабристы Лунин, Якушкин, Глинка, Бестужев, Кюхельбекер, Долгорукий. К ним примыкали Александр и Николай Тургеневы, дети соратника Новикова — Ивана Тургенева, ректора Московского университета.