Экипаж «Нормандии» приветствует член колонии, которого внезапно застреливает в спину группа гетов. Шепард и двое его (ее) союзников избавляются от нападавших, а затем прокладывают себе путь к Надежде Чжу, где глава колонии Фай Дань объясняет им ситуацию. Мало того что геты напали без причины, так еще и ресурсы колонии истощены. После опроса людей в лагере у Шепард(а) возникает странное чувство: когда он(а) спрашивает их о колонии, никто не может дать честный ответ, предлагая поговорить с Фай Данем. Однако некоторые поселенцы просят помочь с ресурсами (энергией, водой, едой), что подразумевает охоту на варренов, вид очень агрессивных инопланетных собак. На усмотрение капитана остается, помогать им или нет. Но приоритетом остаются геты, которые захватили комплекс «ЭкзоГени» в конце старого протеанского шоссе, соединяющего огромные сооружения. Чтобы пересечь эти наводненные синтетиками участки дороги, необходим «Мако». По дороге Шепард обнаруживает еще один лагерь поселенцев, которые кое-как противостоят атакам. Одна из ученых, Джулианна Бэйнем, умоляет их найти ее дочь, запертую в офисах «ЭкзоГени». Ее довольно недружелюбный коллега Джонг не вызывает желания задерживаться рядом.
Снова отправившись к комплексу, команда быстро находит Элизабет Бэйнем. Она рассказывает, что «ЭкзоГени» изучала Торианина – тысячелетний растительный организм, который, возможно, и привлек внимание гетов. Получив карту доступа Элизабет, Шепард задает вопросы виртуальному интеллекту, который среди прочего сообщает, что корневая система Торианина простирается подо всей поверхностью Фероса. ВИ также рассказывает, что Элизабет находилась под наблюдением из-за критики действий начальства, которое якобы поставило под угрозу безопасность колонистов ради успешного завершения исследований. В глубине штаб-квартиры Шепард перепрограммирует большую бронированную дверь ангара, чтобы разрубить на мелкие куски «клешни» корабля гетов, который глушил связь на планете.
В этот момент Джокер, пилот «Нормандии», выходит на связь с капитаном и сообщает ему (ей), что корпус корабля подвергся нападению колонистов. Кажется, они в ярости, хотя недостаточно вооружены, чтобы нанести реальный урон. Команда возвращается в колонию, чтобы выяснить, что происходит, а Джулианна подает сигнал бедствия. Остановившись в ее лагере, Шепард видит, что ее коллега Джонг и некоторые охранники взяли на прицел несколько человек. Джонг кажется взволнованным: после восстановления связи к нему обратилось руководство, приказав ему расстрелять любого, кто может стать свидетелем их опыта с Торианином. Шепард разрешает конфликт и защищает присутствующих, но вынужден(а) срочно вернуться в Надежду Чжу, где глубоко под поверхностью земли находится Торианин. Похоже, что он обладает способностью контролировать сознание и подчинять любого своей воле, управляя болевыми ощущениями существ, пока у них не останется другого выбора, кроме как подчиняться и защищать его. Это объясняет странное поведение колонистов во время первого визита капитана – они нервничали, сталкиваясь с простыми вопросами. Зарядив свой гранатомет нервнопаралитическим газом, который погружает жертв Торианина в глубокий сон, Шепард может попытаться таким образом спасти как можно больше человек.
Фай Дань стоит у входа в колонию с оружием в руках. Кажется, он страдает от настоящей пытки: борьба с ментальным контролем Торианина причиняет ему невыразимую боль. Борясь до конца, чтобы сохранить свою человечность, Фай Дань направляет дуло пистолета себе в голову и лишает себя жизни, чтобы больше не быть рабом.
Под колонией Шепард и его (ее) союзники обнаруживают Торианина. Огромный живой организм – настоящий подземный монстр, липкие щупальца которого свисают с того, что кажется головой. Его корни простираются подо всей колонией, а если то, что рассказал ВИ, было правдой, то и подо всей планетой. Получив обширные повреждения нескольких чувствительных узлов его наростов, через отвратительную полость, которая служит ему ртом, он выплевывает некое существо. Это клон десантницы азари, который атакует по приказу Торианина. Борьба оказывается тяжелой, но Шепард(у) удается уничтожить нейронные узлы Торианина и в конечном счете убить его. Азари по имени Ши’ала освобождена из-под его влияния и в качестве благодарности рассказывает капитану все, что знает. Она работала на Бенезию, которая, по ее словам, сблизилась с Сареном, пытаясь удержать его под контролем, чтобы он не пустился по совсем экстремальному пути. Ее план провалился, и Сарен с помощью своего ужасного корабля «Властелин» смог подчинить себе сознание матриарха. По словам Ши’алы, «Властелин» обладает силой, на которую не способен ни один другой корабль. Те, кто находится рядом с ним, одурманиваются тонким, но очень эффективным способом.