При применении в области химии теория Аристотеля начала разваливаться — как это уже произошло в области астрономии. Способствовало такому эффекту появление соответствующих оптических инструментов и микроскопов. Изобретенные в 1590-1610 годах, они позволяли наблюдать дискретность материи. Но прежде чем вернуться к уже упоминавшемуся Бойлю, скажем несколько слов об англичанине Уолтере Чарльтоне (1619-1707), который познакомил соотечественников с атомистическим учением Демокрита и Эпикура в изложении Пьера Гассенди. Чарльтон был ни много ни мало врачом Карла I Английского. Но врачебная практика не помешала его исследовательской деятельности, и в 1659 году он опубликовал труд Physiologia Epicurogassendo-ChaHetoniana or a Fabrick of Science Natural upon the Hypothesis of Atoms ( "Эпи - куро-гассендиано-чарлътонская физиология, или Фабрика естественной науки, основанной на атомной гипотезе"). Работа описывала мир согласно атомистической теории, которая не соответствовала представлениям Рене Декарта, утверждавшего, что материя делится до бесконечности. Конечно, Декарт был гением, но понять абсолютно все не дано никому.
Начиная с Роберта Бойля химия стала независимой наукой, изучающей состав веществ, а не дополнительным инструментом физиков и алхимиков. Бойль в течение жизни проделал огромную работу. Особая его заслуга состоит в том, что он ввел строгие научные методы в экспериментальную деятельность. Ученый утверждал, что если можно извлекать пользу из опыта, то из него можно делать собственные выводы и заключения. Опыты не должны опираться на предрассудки или следовать одной из двух систем — атомной дискретности либо декартовой непрерывности, — поскольку материю следует изучать объективно.