Убогие дома прекратили существование во время Московской чумы, когда были учреждены особые кладбища и запрещено было хоронить при приходских церквях, кроме Андрониковского и Покровского монастырей. В первом погребали преимущественно дворян, а в последнем – духовных лиц, купцов и мещан. В начале XIX века могильные холмы при Покровском монастыре были срыты. Позднее, во время строительства жилых домов на бывшей Семеновской улице (теперь Таганской), прямо напротив монастыря было обнаружено множество человеческих костей.
История не сохранила подробных сведений о Покровском монастыре. Вот наиболее достоверные из них.
Сначала монастырь был причислен к Московской епархии. С 1680 по 1731 год он был приписан к Заиконоспасскому монастырю. В 1744 году из Московской он был переведен в Крутицкую епархию. С 1751 года в нем была размещена переместившаяся сюда из Вяземского Предтечевского монастыря семинария, которая дала этому божедомскому монастырю характер училищного. Затем монастырь был снова приписан к Московской епархии, а семинария в 1776 году была распущена.Согласно описи 1763 года в монастыре располагались соборная каменная пятиглавая церковь во имя Всех Святых с одним престолом, каменная одноглавая церковь Покрова Божией Матери с приделом во имя святого Иоанна Дамаскина (была первоначально построена в 1638 году при Патриархе Иоасафе), каменная шатровая колокольня с восемью колоколами и немецкими часами с боем, деревянные одноэтажные настоятельские кельи, каменные и деревянные одноэтажные братские кельи, двухэтажное каменное здание с кухней и погребом. Вначале в нем размещалась семинария, а затем трапезная и другие службы.
Монастырь был обнесен каменной оградой длиной 224 сажени (около 480 метров), крытой тесом и имевшей по углам пять четвероугольных башен.
В то время монастырю принадлежали и четыре часовни, находившиеся вне его территории и приносившие до 50 рублей годового дохода: подмонастырская с каменною палаткой, в Китай-городе у Москворецких ворот, на Таганке (деревянная) и на Первой Мещанской улице, каменная с кельей для часовника. Она с давних пор принадлежала монастырю и именовалась Покровскою. С 1763 года в монастыре были учреждены духовные штаты, и им стал управлять игумен Варлаам. Тогда в числе братии были три иеромонаха и три иеродиакона. На содержание монастыря и монашествующих отпускалось только 27 рублей 77 копеек в год. Хозяйство монастыря было небольшое, и доходов, получаемых с часовен, кладбища и прилегавших к нему земельных угодий, было недостаточно для того, чтобы поддерживать в нормальном состоянии здания храмов и другие постройки. Поэтому в 1783 году в результате обветшания ограду монастыря, а затем и обе церкви пришлось разобрать.Перестройка храмов в XIX веке
На рубеже XIX века по Божией милости и стараниями благотворителей, особенно купца Диомида Мещанинова, монастырь стал восстанавливаться. В 1799 году в северо-западном углу монастыря была устроена каменная мужская богадельня на 12 человек, восстановлена разрушенная ограда и сооружена каменная одноглавая церковь во имя Всех Святых с двумя приделами: в память обновления храма Воскресения Христова и Тихвинской иконы Божией Матери.