В 1810 году госпожа Хлебникова построила при монастыре женскую каменную богадельню на Семеновской улице. В 1806 году была заложена и к 1814 году построена двухэтажная каменная, крестообразная одноглавая церковь Покрова Божией Матери. В ее верхнем ярусе были установлены три престола: главный – в честь Покрова Божией Матери, южный – апостолов Петра и Павла и северный – святителя Николая. В нижнем ярусе также были устроены три престола: главный – во имя Святителя Ионы и по сторонам – преподобных Илариона Великого и Нила Столобенского. Строительство и украшение храмов осуществлялось под руководством и при непосредственном участии строителя Ионы, который незадолго до 1812 года стал настоятелем монастыря. Он был добрым и благочестивым старцем, проявлявшим большую заботу о благолепии Дома Божия. Его простодушная ласковость привлекала «доброохотных дателей».
Во время нашествия французов 1812 года здания и сооружения монастыря сильно пострадали. Однако после победы над неприятелем уже к 1815 году благодаря усердию настоятеля Ионы и на средства привлекаемых с его помощью благотворителей храмы были почти полностью восстановлены. В 1833 году на пожертвования благотворителей был вылит большой колокол, который и возвестил монастырю о кончине его доброго пастыря.
Не меньшее рвение к устроению святой обители проявил и приемник настоятеля архимандрит Амвросий. Его стараниями была сооружена новая монастырская ограда с восемью башнями, двухэтажные настоятельский и братский корпусы, к трапезному корпусу пристроены 14 келий, у восточных ворот – конный двор с конюшнею, сараями, кладовыми, помещениями для рабочих и пять братских келий.