Позднее стали открывать и другие монастыри. К моменту открытия Покровского монастыря у Покровской заставы в Москве действовали четыре мужских и три женских монастыря, и Святейший Патриах Алексий благословил возобновить здесь женский монастырь.
Начало возрождению монастыря было положено синодальным постановлением от 24 ноября 1994 года, в соответствии с которым был учрежден Свято-Покровский монастырь, четвертый женский монастырь в Москве.
Настоятельницей монастыря 22 февраля 1995 года была назначена инокиня Ольга (Мискина), насельница Свято-Троицкой Дивеевской обители. 14 апреля того же года она приняла монашеский постриг, совершенный Святейшим Патриархом Алексием II, с наречением имени в честь святой блаженной царицы Феофании.
По первосвятительскому благословению, с верою в Промысл Божий, неустанно о нас пекущийся, и с надеждой на покровительство Царицы Небесной матушка настоятельница покорно приняла нелегкий крест по восстановлению обители. И Господь по своей великой милости, ходатайством Усердной Заступницы, молитвами блаженной Матронушки помогал матушке нести это послушание.
В конце марта 1995 года был зарегистрирован юридический устав монастыря; в начале сентября 1996 года вышло постановление правительства Москвы о передаче монастырю сохранившихся зданий и сооружений бывшего Покровского монастыря.
Еще в 1996 году почти все здания оставались занятыми арендаторами – различными учреждениями и организациями, а на его территории, включая кладбище, находился Таганский парк с развлекательными и спортивными сооружениями. Но уже к весне 1997 года с Божией помощью по ходатайству Святейшего Патриарха Алексия II правительство Москвы передало монастырю здания храмов и другие постройки, а потом и землю в бессрочное и безвозмездное пользование.
По благословению Святейшего Патриарха восстанавливались и святыни монастыря. В 1996 году из Ниловой пустыни с озера Селигер была привезена частичка мощей преподобного Нила Столобенского, в честь которого освящен один из престолов Покровского храма. А в 1997 году обитель получила в подарок икону святителя Иннокентия, митрополита Московского, с частичкой его мощей. Обретение этих святынь стало большой духовной поддержкой для сестер и великой радостью для богомольцев.
Святая обитель удостаивалась нескольких посещений Святейшего Патриарха, который не только совершал богослужения, но и лично проверял, как идут восстановительные работы, на месте изучал нужды монастыря. Каждый приезд Святейшего Патриарха Алексия в обитель был радостным событием, собирал множество прихожан.
Так, в 1996 году при большом стечении народа Его Святейшество отслужил молебен на престольный праздник Покрова Пресвятой Богородицы, осмотрел территорию и принадлежащие монастырю здания и сооружения, включая Воскресенский храм, где в то время еще были спортивные залы. Это памятное событие стало знаменательной вехой на пути возрождения обители, так как арендаторы начали освобождать монастырские строения, а спортзалы прекратили свое существование уже через неделю.