В 1998 года на праздник Похвалы Божией Матери Святейший Патриарх Алексий впервые отслужил литургию в монастыре. Во время нее великим чином были освящены три престола нижнего этажа Покровской церкви. На Великом Входе матушка-настоятельница была возведена в сан игумении. По окончании литургии Святейший Владыка освятил кресты, которые вслед за этим были установлены на куполах Покровского и Воскресенского храмов. Эти события явились большим утешением для сестер обители и прихожан, ярким праздником среди трудовых будней. В память о нем по первосвятительскому благословению обитель получила в дар образ Владимирской Божией Матери.
Сохраненная святыня
В июле 1998 года обитель обрела еще одну святыню – благодатную икону Царицы Небесной «Взыскание погибших», которая написана по благословению блаженной Матроны и долгое время была ее келейной иконой. Ее передали в монастырь люди, еще при жизни знавшие Матронушку и благоговейно чтущие ее память.
Чин прославления
Ровно через год после перенесения честных останков блаженной старицы Матроны в Покровскую обитель, 2 мая 1999 года, при служении Святейшего Патриарха Алексия состоялось ее торжественное причисление к лику святых.
В этот день в 12 часов ночи в нижней церкви Покровского собора вначале была отслужена ранняя литургия, а затем последняя панихида по Матронушке.
Большинство богомольцев так и осталось в монастыре до утра, чтобы участвовать в торжестве ее прославления. На поклонение ее святым мощам народ шел всю ночь.
В 9 часов утра праздничное богослужение в верхней церкви Покровского собора совершил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II с собором архипастырей и духовенства. За этим богослужением в последний раз возносилась молитва об упокоении души приснопоминаемой рабы Божией Матроны, последний раз возглашалась ей «вечная память». Затем Его Святейшество с амвона огласил Определение о канонизации в лике местночтимых святых блаженной Матроны Московской.
Хор впервые запел тропарь святой блаженной Матроне, и все присутствующие в храме вместе с Предстоятелем Церкви пели величание.
После литургии Первосвятитель и сослужащее ему духовенство совершили первый молебен новопрославленной святой у ее раки с мощами в нижней церкви Покровского собора. Вслед за тем Святейший Патриарх освятил закладку фундамента восстанавливаемой монастырской колокольни, которая была полностью разрушена в годы богоборчества.
После этого памятного дня в монастыре ежедневно по завершении литургии совершается молебен с акафистом перед ракой святой блаженной Матроны. С семи утра до восьми вечера нескончаемым потоком люди идут поклониться Матронушке, и все больше благодатных чудес совершается ее святыми молитвами. Все, кто хоть раз обращался к ней в трудную минуту жизни, по опыту знают силу ее молитвенного заступления.
Подворье монастыря
В 1998 году Покровскому женскому монастырю передан в качестве подворья храм Казанской Божией Матери в селе Маркове Раменского района Московской области. Храм Казанской иконы Божией Матери сооружен в 1672–1680 годах в усадебной вотчине астраханского воеводы князя Якова Никитича Одоевского. Предполагается, что строителем храма был известный зодчий Павел Сидорович Потехин (родился около 1640 г.).