На самолет установили двигатель Daimler- Benz DB 601 А, развивавший мощность 1 175 л. с. на взлетном режиме и 1 100 л. с. на высоте 4400 м. Мотор вращал металлический трехлопастный винт изменяемого шага VDM 9-1 1081 А. Этот двигатель, прежде чем был принят, испытывался на десяти предсерийных машинах Bf 109D-0 and Е-0.
Bf 109Е-1 не имел брони, защищающей летчика и топливный бак, а конструкция фонаря кабины была такой же, как у модификации D.
Битва за Британию показала, что кабина нуждается в большей защите, и оставшиеся машины Bf 109Е-1 были доведены до стандарта Е-3 с более прочным фонарем. В ходе боев выяснилось, что самолет может стать более эффективным, если оснастить его подфюзеляжным пилоном с электрическим бомбосбрасывателем. В результате появился Bf 109Е-1/В с пилоном ЕТС 50 для бомб SC 50. Машина успешно прошла испытания, действуя над Ла-Маншем против английских морских судов совместно с истребителями Bf 1 1 ОС из Erprobungsgruppe 21 0. Германское верховное командование потребовало, чтобы в состав каждой истребительной эскадры (Jagdgeschwader), вооруженной самолетами Bf 109, включили дополнительную эскадрилью истребителей-бомбардировщиков. Причем на Bf 109Е-4 новое оборудование ставили уже непосредственно на заводе.
Bf 109 Е-1 поставлялись также в Испанию и Швейцарию.
Bf 109E-1 в Люфтваффе
Bf 109Е-1 из 3.j/88, Испания, декабрь 1939 г. Верхние поверхности: RLM 62 Нижние поверхности: RLM 65
Bf 109Е-1 из 1J/88, Испания, 1939 г. Пилот Oberleutnant (старший лейтенант) 3. Реентс Верхние поверхности: RLM 63 Нижние поверхности: RLM 65
Bf 109Е-1 из 2.j/88, Испания, весна 1939 г. Верхние поверхности: RLM 63 Нижние поверхности: RLM 65
Bf 109Е-1 из 1/jg 331, Германия, январь 1939 г. Белый круг обозначает группу IV Верхние поверхности: RLM 70/71. Нижние поверхности: RLM 65
Bf 109Е-1 из j 132, Германия, апрель 1939 г. J132 стала JG 26 Верхние поверхности: RLM 70/71 Нижние поверхности: RLM 65
Bf 109Е-1 из i./jg 26, Кёльн, Германия, лето 1939 г. Пилот капитан Готхард Хандрик, командир группы Верхние поверхности: RLM 70/71 Нижние поверхности: RLM 65
Bf 109Е-1 из 1./jg 51, Германия, лето 1939 г. Верхние поверхности: RLM 70/71 Нижние поверхности: RLM 65
Bf 109Е-1 из 2./JG 77, Германия, лето 1939 г. Пилот капитан и командир эскадрильи Ханнес Траутлофт Верхние поверхности: RLM 70/71. Нижние поверхности: RLM 65
Bf 109Е-1 из 2./jgr 101, Фюрстенвальде, Германия, август 1939 г. Верхние поверхности: RLM 70/71 Нижние поверхности: RLM 65
Bf 109Е-1 из ii./jg 26, Дюссельдорф, Германия, август 1939 г. Окрашенная в белый цвет хвостовая часть обозначала одну из сторон во время летних учений Люфтваффе. Верхние поверхности: RLM 70/71 Нижние поверхности: RLM 65
Bf 109Е-1 из 1./jg 20, Бранденбург, Германия, сентябрь 1939 г.
Верхние поверхности: RLM 70/71 Нижние поверхности: RLM 65
Bf 109Е-1 из ll./ZGl (JGr 101), Фюрстенвальде, Германия, сентябрь 1939 г. Пилот Oberleutnant (старший лейтенант) Эрвин Бачила, Gruppenadjudant (адъютант группы) Верхние поверхности: RLM 70/71. Нижние поверхности: RLM 65.