Через пять лет после публикации книги Бейля были обнаружены соответствующие законы. Опираясь на наблюдения астронома Эдмунда Галлея, Ньютон показал, что кометы перемещаются по Солнечной системе в соответствии с графиком, обусловленным законами движения и гравитации, а не религиозной повесткой. После того как комета своевременно появилась в 1759 г., достаточно близко к дате, предсказанной Галлеем, сверхъестественные объяснения комет более или менее исчезли, по крайней мере среди образованных людей. Но бояться их не перестали. Благодаря устойчивому аппетиту человечества на предсказания глобальной катастрофы, кометы превратились из сверхъестественных предупреждений в неуправляемые ракеты, которые могут повредить планету. Преемник Ньютона в Кембриджском университете подсчитал, что комета спровоцировала Ноев потоп в 2349 г. до н. э. и вернется в 2255 г. нашей эры с такими же ужасными последствиями. В 1773 г. и вновь в 1832 г. в некоторых частях Европы возникала паника, когда из-за неверных сообщений об астрономических расчетах люди верили, что комета вот-вот столкнется с землей.
Вторая крупная философская работа Бейля была посвящена реальному бедствию, постигшему его семью во Франции. В рамках мирного соглашения, положившего конец французским религиозным войнам, французское протестантское меньшинство получило по королевскому указу 1598 г., Нантскому эдикту, определенную свободу вероисповедания. Но в 1670-х гг. жестокие репрессии против протестантов начали возвращаться, и в 1685 г. эдикт был отменен. В том же году старший брат Бейля умер в тюрьме. Он был бы освобожден, если бы согласился перейти в католичество. В следующем году Бейль опубликовал работу в защиту религиозной терпимости, столь же громоздкую, как и ее название – «Философский комментарий к словам Евангелия от Луки, глава 14 стих 23: “убеди придти, чтобы наполнился дом мой”». Книга стала не менее весомым аргументом в пользу религиозной свободы, чем широко известное «Послание о веротерпимости» Локка, написанное примерно тогда же, но опубликованное три года спустя. Как и вторая половина «Левиафана» Гоббса, и большая часть «Богословско-политического трактата» Спинозы, «Философский комментарий» Бейля содержал обширный анализ Священного Писания, что является одной из причин, по которой его сегодня мало читают.
Согласно важному выводу святого Августина, известному по некоторым его письмам, отрывок из Евангелия от Луки свидетельствует об одобрении религиозного принуждения, исходящего из уст самого Иисуса. На протяжении веков этот отрывок цитировали как оправдание преследования еретиков, а затем их убийства в случае отказа исправиться. Бейль без труда показал, что это сомнительное прочтение библейской истории, которая вроде бы касается трапезы. Но его главная мысль касалась природы совести. Бейль утверждал, что Бог хотел бы, чтобы люди действовали в соответствии со своими глубочайшими убеждениями при условии, что эти убеждения – результат серьезного и тщательного поиска истины. Зачем еще Он дал бы им совесть? Таким образом, принуждать их к исповеданию одной веры, когда они склоняются к другой, тоже неправильно. Честная ошибка не является грехом, и поэтому не должна быть наказана. Чтобы проиллюстрировать это утверждение, Бейль использовал пример французского крестьянина Мартена Герра, который исчез из своей деревни в 1548 г. и, по-видимому, вернулся в 1556 г. Жена Герра была уверена, что мужчина, появившийся в 1556 г. и назвавшийся Мартеном, действительно ее муж, и родила от него двоих детей. Но через три года вернулся настоящий Мартен Герр, а самозванец был казнен за мошенничество и прелюбодеяние. Поскольку женщина искренне верила, что самозванец – ее муж, она не была признана виновной в совершении какого-либо преступления. Точно так же, утверждал Бейль, «искренний еретик, даже безбожник» не должен страдать за свои честные убеждения.
Более того, утверждал Бейль, каждый еретик убежден, что это он истинный верующий, а другие – еретики. Поэтому, если преследование ереси будет поощряться, результатом станет нескончаемое кровопролитие. А это, развивал свою мысль Бейль, совсем не то, что имел в виду Иисус. Кроме того, принуждение – неэффективный способ заставить людей принять истинную веру, поскольку вера возникает из внутренней убежденности и не может быть изменена по желанию. Бейль пришел к выводу, что религиозное принуждение бессмысленно, иррационально и противоречит христианству. Даже к нехристианским религиям следует проявлять терпимость, если их приверженцы искренни, и точно так же к крайне неортодоксальным христианским сектам, таким как социнианцы, которые признавали, что Иисус говорил от имени Бога, но самого его божеством не считали.