В 1476 году Леонардо был публично обвинен в содомии. Обвинение прозвучало столь серьезно, что он вполне мог попасть в тюрьму. Высшей мерой наказания за гомосексуализм было сожжение на костре, но на практике, как мы видели, к таким крайностям не прибегали, да и вообще чаще всего смотрели на такие вещи сквозь пальцы. Отчего же Леонардо сделался исключением? Наиболее вероятным объяснением можно считать то, что осуждение молодого художника означало скрытый удар по Лоренцо и его кружку. Так или иначе, до суда дело не дошло — почти наверняка благодаря вмешательству Лоренцо де Медичи. Тем не менее клеймо появилось. Уже клейменный фактом незаконнорожденности (хотя и не дома), Леонардо получил дополнительный удар, еще больше заставивший почувствовать себя изгоем. Он всегда жаждал известности — но теперь знал, что говорят о нем за спиной.
Несмотря на отсутствие личной близости, Лоренцо неизменно поддерживал Леонардо. Вполне возможно, что именно в эту трудную минуту он получил приглашение пожить в палаццо Медичи, отчасти ради его безопасности. Если это действительно так, то можно понять дружбу с Боттичелли, чья живопись Леонардо в общем-то не нравилась. Скорее всего именно Боттичелли первым показал Леонардо фрески Мазаччо в церкви Санта-Мария дель Кармине. Эти работы — через посредство Фра Филиппо Липпи — оказали сильное воздействие на Боттичелли; столь же мощно они повлияют и на Леонардо. Живость персонажей Мазаччо стала для него настоящим откровением, это ведь не просто изображение человеческих фигур, они существуют на картине. Именно здесь в немалой степени следует искать источник его неповторимости, хотя развивался он совершенно в ином направлении, нежели Боттичелли. Если последний опирался на миф, то Леонардо более интересовала актуальность, психология, живые люди в реальной действительности.
Есть и другие свидетельства тесной дружбы Боттичелли и Леонардо, как и свидетельства высокого уважения Лоренцо к таланту последнего. Когда Лоренцо понадобилась фреска с изображением сюжетов, связанных с заговором Пацци, он поручил эту работу своему любимому Боттичелли — вряд ли заказ мог исходить от кого-то еще. В 1479 году, когда в цепях из Константинополя был доставлен, а затем казнен Бандини, в картину потребовалось внести изменения, и Лоренцо вновь обратился к Боттичелли, но тот, по-видимому, был занят какой-то другой работой. Почти наверняка он предложил вместо себя Леонардо, хотя только одной этой рекомендацией окончательное решение Лоренцо не объяснишь. Эта картина была для него чрезвычайно важна — помимо всего прочего, словно бы обращение к народу от его имени. Во Флоренции жило тогда немало талантливых живописцев, и среди них те, кому Лоренцо покровительствовал долгие годы; и все же его выбор пал на двадцатисемилетнего человека со стороны — Леонардо. Потому, повторяю, можно не сомневаться в том, сколь высоко Лоренцо ставил его как художника и сколь велико было его желание не терять с ним связи, пусть даже люди это были совершенно разные.
Затем загадочный Леонардо получил благодаря посредничеству Лоренцо крупный заказ — написать для доминиканской церкви Сан-Донато в Скопето, на окраине Флоренции, сюжет на тему поклонения волхвов. Контраст с тем, как истолковал ту же тему Боттичелли, сразу бросается в глаза. У последнего нарядно одетые члены семьи Медичи почтительно склоняются перед Мадонной с младенцем. У Леонардо собравшиеся потрясены самим божественным явлением, коленопреклоненно, с воздетыми руками окружают они Богородицу. На заднем плане, контрастируя с этим групповым портретом, прочерчены ясные, как на архитектурном эскизе, линии какого-то недостроенного, устремленного вверх, к очередному этажу, классического здания. Леонардо продолжал заниматься самообразованием, чертил контуры домов и военных машин, придумывал различные инженерные проекты. В том-то и беда: все это захватывало его настолько, что вскоре он утратил интерес к основной работе. Несмотря на то что отданы ей были целые годы, несмотря на увещевания, а затем и угрозы братьев-доминиканцев, «Преклонение волхвов» так и не было закончено, и это был первый, но далеко не последний из проектов Леонардо, что разделили ту же судьбу.