Наконец, Скоронконколо нанес герцогу смертельный удар в шею и повредил артерию, из которой хлынул фонтан крови. Алессандро забился в предсмертной агонии и вскоре затих. Лоренцаччо завернул его в простыни и прикрепил сверху клочок бумаги с надписью: «Любовь к отчизне и стремление к славе всегда побеждают». Затем они вместе со Скоронконколо потихоньку вышли из дома через заднюю дверь, заперли ее на ключ, оседлали коней и ускакали из города. Северные ворота Флоренции были заперты на ночь, но убийцы сказали стражникам, что должны срочно ехать в Муджелло по семейным обстоятельствам. Охране даже в голову не пришло спросить, что это за обстоятельства. Они узнали лучшего друга герцога Алессандро и беспрепятственно открыли перед ними ворота. Лоренцаччо заплатил Скоронконколо, расстался с ним и отправился сначала в Болонью, а оттуда в Венецию. Там жили некоторые флорентийские семьи, изгнанные из Флоренции по приказу Алессандро. Добрался он туда только через несколько дней, явился к Филиппо Строцци, который находился тогда в Венеции, и все ему рассказал. Строцци эта новость очень обрадовала, и он заключил Лоренцаччо в объятия.
Между тем во Флоренции народ гулял всю ночь, а телохранитель герцога особенно не беспокоился: он был в курсе, чем занят его господин. Охранник забил тревогу только утром, когда Алессандро так и не появился. Стражник явился во дворец Синьории и заявил, что герцог находится в доме Лоренцаччо с вечера. Но как он ни стучал в дверь, ему никто не отвечает, и в доме подозрительно тихо. Срочно собрался сенат, и о случившемся доложили представителю императора во Флоренции. Тот с вооруженной охраной и телохранителем Алессандро отправился к дому Лоренцаччо, и они начали стучать в дверь. На настойчивый стук никто не отвечал, тогда охранники взломали дверь и нашли труп герцога. Он лежал в спальне на кровати в луже крови, с прикрепленной на груди запиской. Было сразу понятно, чьих это рук дело. Но флорентийцы не торопились вызывать Лоренцаччо и выбирать его герцогом – слишком уж многое его связывало с «отродьем мула».
Так как это событие произошло рано утром в день Богоявления, дату убийства Алессандро Медичи называют с тех пор: «Кровавая Эпифания». Члены сената посоветовались с представителем императора и решили не сообщать об убийстве, пока не решат, что делать дальше. Тело герцога перенесли в семейный склеп Медичи – церковь Сан-Лоренцо. Его похоронили в Новой ризнице, в могиле его официального отца Лоренцо Медичи, под саркофагом с изваяниями: «Утро» и «Вечер» работы Микеланджело. Говорят, когда до Буонарроти дошла эта новость, он воскликнул: «Все флорентийцы от него избавились, кроме меня». Он имел в виду, что «Мавр» теперь навсегда похоронен в ризнице его работы. А ученику Урбино, который жил с ним в Риме, Микеланджело сказал: «Ты теперь видишь, для чего нужны скульпторы – чтобы ваять надгробия деспотам».
Так погиб 26-летний герцог Алессандро Медичи, не оставив о себе почти никакой хорошей памяти, кроме раздачи милостыни нищим. К искусству он был равнодушен, заказывал только драгоценности, свои портреты и медали со своим изображением. Детей у Алессандро и Маргариты не было, их супружеская жизнь длилась меньше года. Но у герцога были внебрачные дети: сын Джулио и две дочери: Джулия и Порция. Порция стала монахиней, и потомства у нее не было. Джулио на момент смерти отца было всего четыре года, он не мог управлять герцогством, пришлось бы слишком долго ждать его совершеннолетия. Будучи уже взрослым, Джулио признал власть Козимо I Медичи и был принят в военно-морской орден Святого Стефана Мученика, который герцог основал в Пизе с целью войны против мусульманских пиратов. В браке с Анжеликой Маласпина у него была дочь Екатерина и, кроме нее, еще двое незаконнорожденных сыновей. Джулия после смерти первого мужа Франческо Кантельмо вышла замуж за Бернардетто Медичи. Отец ее мужа Оттавиано Медичи был представителем побочной ветви этой династии и очень дальним родственником Лоренцо Великолепного. Их потомки до сих пор живут в Италии и носят фамилию Медичи. Портрет Джулии кисти художника Понтормо находится в галерее Уффици.
Ситуация во Флоренции после убийства Алессандро сложилась непростая, нужно было срочно выбрать нового герцога. Возврат к старой, республиканской форме правления был невозможен – император никогда бы этого не допустил. Флорентийское герцогство было теперь государством – вассалом Священной Римской империи после присяги Алессандро Медичи. Если пойти против Карла V – он просто назначит во Флоренции своего вице-короля, как это сделал в Неаполе. А это еще хуже, пусть уж лучше будет герцог.