В 1907 году он стал профессором в Манчестерском университете. Под руководством Резерфорда Ханс Гейгер (1882–1945) и 22-летний студент Эрнест Марсден (1889–1970) в 1909 году изучили рассеяние α-частиц тонкой металлической фольгой. Они заметили, что изредка α-частицы рассеиваются на углы, превышающие 90°. Результат был поразительным, сам Резерфорд сказал: «Это было самым невероятным событием, которое когда-либо случилось в моей жизни. Оно было почти таким же невероятным, как если бы вы выстрелили 15-дюймовым снарядом по куску папиросной бумаги, а он бы вернулся и попал по вам». Он продолжал: «Я не верил, что (α-частицы) будут (рассеиваться), поскольку мы знали, что α-частица очень быстрая и массивная, с большой энергией».
Итак, при прохождении α-частицы через металлическую фольгу, атом в ней каким-то образом вызывает значительное рассеяние. На самом деле угол рассеяния, превышающий 90°, возможен только тогда, когда предмет, вызывающий рассеяние (атом металла), тяжелее, чем рассеиваемый объект (α-частица).
В модели атома Томсона (печенье с шоколадной крошкой) электроны находятся в большой рассредоточенной толще положительного заряда. Однако α-частица в 8000 раз тяжелее электрона, так что электрон никак не может вызвать рассеяние. Поэтому остается положительный заряд, который должен быть более сконцентрирован, чем представлял Томсон. Через полтора года, в 1910 году, Резерфорд раскрыл тайну. Вместо того чтобы быть рассредоточенным вокруг атома, положительный заряд оказался очень компактным центральным телом, вокруг которого обращаются электроны. Более того, именно в этой центральной части заключена бо2льшая доля массы атома — в противовес утверждению Томсона, что она приходилась на электроны.
Резерфорд пошел дальше и вывел математическую формулу для процесса рассеяния, которую подтвердила серия экспериментов, проведенных, опять же, Гейгером и Марсденом. Формула Резерфорда еще больше впечатляет, если учесть, что он был экспериментатором, особо не заботившемся о теоретической физике и не обладавшем экспертными знаниями в ней; но ни один из физиков-теоретиков не ответил на вызов. Вспомним, что Гейгер и Марсден
Модель Резерфорда не сразу завоевала популярность. Оказалось, что даже сам Резерфорд не воспринимал ее серьезно. На первом Сольвеевском конгрессе — грандиозной международной научной конференции, прошедшей в 1911 году — он ничего не сказал о своей новой атомной модели. Год спустя он закончил книгу «Радиоактивные вещества и их излучение» в 670 страниц, посвятив результатам исследований α-частиц всего лишь 3 страницы. Возможно, Резерфорд не считал эти открытия революционными, но был один человек, который понял их важность и перевел атомную модель Резерфорда на новый уровень.
В марте 1912 года Нильс Бор (1885–1962) приехал в Манчестер, чтобы начать работать с Резерфордом. До этого он работал с Томсоном в Кембридже. К сожалению, их отношения были напряженными с самого начала, и их сотрудничество никогда не процветало так, как надеялся Бор. В письме своему брату Харальду Бор сказал: «Пока что иметь дело с Томсоном не так легко, как я думал в первый день».
Возможно, в этом было виновно первое столкновение Бора с Томсоном, когда, войдя в рабочую комнату Томсона, Бор провозгласил: «Это неверно».
Он ссылался на что-то в книге, написанной Томсоном. Конечно, Бор никогда не хотел никого обидеть; вместо это он просто пытался вступить в научную дискуссию с его ограниченным (на тот момент) знанием английского языка. Ситуацию несомненно усугубила неспособность Томсона терпимо относиться к критике. Став старше, Бор размышлял о том времени так: «Все в Кембридже было интересно, но абсолютно бесполезно». Но его положение значительно улучшилось благодаря Резерфорду:
«Резерфорд — человек, на которого можно положиться; он регулярно появляется, спрашивает, как идут дела, и обсуждает мельчайшие подробности работы — такой выдающийся человек, Резерфорд действительно заинтересован в работе всех людей, его окружающих».