Внешне Me 109G-6 отличался от своих предшественников только уже упоминавшимися пулеметами в носу фюзеляжа. Вместо двух 7,92-мм пулеметов MG 17 стояли два 13-мм пулемета MG 131. Боекомплект сократился с 1000 до 450 выстрелов на ствол. Длительность залпа сократилась с 25 до 19 секунд, но одновременно возросла эффективность стрельбы. Если масса пятисекундного залпа MG 17 составляла 1,26 кг, то пятисекундный залп MG 131 весил уже 2,63 кг. В результате модификации немного увеличилась сухая и взлетная масса самолета — на 20 и 38 кг, соответственно. Немого упала максимальная скорость. Основной рост массы объяснялся тем, что пришлось радикально переработать систему выброса стреляных гильз и ленточных звеньев. Поскольку вывод стреляных гильз на борт себя не оправдал из-за того, что гильзы часто повреждали обшивку крыльев и хвостового оперения, гильзы пришлось выводить на днище фюзеляжа. Наружные отверстия прикрыли обтекателями. Эти обтекатели вместе с неубирающимся хвостовым колесом и выступающими над крылом колесными нишами «съедали» до 10 км/ч по сравнению с G-2.
Дополнительно самолеты G-6 оснащались 3-литровым бензобаком для топлива, предназначенного для пуска двигателя на морозе. Бак находился в хвостовой части фюзеляжа. О его присутствии говорит горловина в правом борту в районе четвертого сегмента (Известна фотография G-3 с такой горловиной. Этому факту можно предложить два объяснения. Во-первых, самолет мог позднее пройти капитальный ремонт и переделку, что вполне вероятно, поскольку снимок датируется 1944 годом. Во-вторых, можно предположить, что дополнительный бак одновременно внедрили сразу на всех серийно выпускающихся вариантах. Это вполне правдоподобно, так как выпуск G-6 некоторое время шел параллельно с выпуском G-3 и G-4.). Другим важным новшеством стал прицел Revi 16B, заменивший старый Revi C12/D. Новый прицел появился на самолетах, выпущенных в августе-сентябре 1943 года.
Последующие изменения в конструкцию самолета внесли уже в ходе его серийного выпуска. Летом 1943 года появилась укороченная мачта антенны (весной 1944 года антенну убрали совсем). Почти одновременно в стандартную комплектацию самолета включили радиомаяк (Первые испытания маяка провели 20 июня 1943 года. В ходе испытаний маяк монтировали в верхней части фюзеляжа, а не на днище.). В конце лета 1943 года самолет оснастили бронированным изголовьем кресла пилота. В конце 1943 года ввели новый фонарь кабины, так называемый Erla-Haube. В начале 1944 года увеличили площадь киля, сначала накладка была металлической, потом деревянной. В начале лета 1944 года в носовой части самолета пришлось поместить балласт, чтобы скомпенсировать возросшую массу хвостового оперения. Осенью 1944 года появились самолеты с длинной стойкой хвостового шасси (Испытания «Густава» с 20-см стойкой хвостового шасси начались в первых числах июля 1943 года.). Из всех перечисленных нововведений наиболее важным оказался увеличенный киль, который заметно поправил пилотажные возможности самолета. «Густав», с самого начала несколько перетяжеленный, был труднее в пилотировании, чем «Фридрих». Удлиненная стойка хвостового шасси улучшила поведение самолета при разбеге и пробеге, одновременно открыв больший обзор из кабины.
На этих изменениях не остановились. Весной 1944 года на самолеты в качестве стандартной начали ставить радиостанцию FuG 16ZY, которая прежде считалась специальным оборудованием.