Силу характера она продемонстрировала во время первого же серьезного кризиса, который не заставил себя ждать.
Когда зашаталась царская власть, покачнулся и авторитет государственной церкви. Патриарх и духовенство никак не смогли воспрепятствовать мятежу, во время убийств 15 мая патриарха самого чуть не затоптали.
Немедленно подняли голову сторонники раскола, которых среди стрельцов было много. По городу бродили проповедники, запрещали креститься тремя перстами. Главным оратором был лишенный сана поп Никита Добрынин, которого враги обзывали Пустосвятом (под этим именем он и известен в истории). Собирались толпы, требовали провести перед царями всенародное прение (публичный диспут) о том, какая вера правильнее. За всем этим, по-видимому, стоял Хованский, который изображал из себя защитника староверия и при победе Пустосвята должен был сильно укрепить свое положение.
5 июля Никита Пустосвят в сопровождении огромной толпы явился в Кремль. Первым успехом Софьи было то, что диспут устроили не на площади, на виду у толпы, а в Грановитой палате. В качестве предлога сослались на то, что царевне перед народом показываться зазорно. Хованский попробовал уговорить Софью не присутствовать на дискуссии, пугая тем, что ворвется народ и всех перебьет. Царевна отвечала, что готова за святую церковь положить голову.
Во время препирательств с Никитой Пустосвятом она одна проявила твердость. Никаких попыток о чем-либо договориться, как, собственно, и религиозного диспута в строгом смысле не произошло. Пустосвят, выйдя из палаты, объявил народу, что посрамил никонианцев. Все, ликуя, разошлись.
А дальше Софья поступила так же, как во время заговора. Она провела несколько кулуарных встреч с влиятельными стрельцами и всем им твердила: при победе раскольников царская семья из Москвы уедет, и виноваты в этом будете вы. Стрельцам без царства оставаться было страшно. Они начали говорить, что в церковные дела мешаться не хотят, не их ума дело. Софья щедро награждала выборных, а рядовым стрельцам велела выдать вина – по ушату на десять человек. К винопитию проповедники раскола относились плохо, а стрельцы – хорошо. Настроение массы быстро переменилось. Когда стало известно, что старцев кое-где уже поколачивают, Софья велела арестовать Никиту Пустосвята и отрубить ему голову. Хованский заступиться за своего протеже не посмел.
Сцена из оперы М. Мусоргского «Хованщина», увековечившей имя Хованского-Тараруя. (