Несмотря на многочисленные воспоминания участников «потемкинского» восстания, нет ни одного надежного свидетельства очевидца убийства Вакуленчука. Все видели его уже смертельно раненным, причем в состоянии, когда Вакуленчук не мог говорить. Но кто видел, что в Вакуленчука стрелял именно Гиляровский? Получается, что никто! Впрочем, убийство Вакуленчука все же один человек видел — и это был, разумеется, Матюшенко. По его рассказу, на его глазах якобы Гиляровский вдруг выхватил револьвер (по другой версии, винтовку) и выстрелил в Вакуленчука, который в это время что есть силы призывал матросов к восстанию. После чего он, Матюшенко, тут же собственноручно и застрелил Гиляровского. Впоследствии (уже после ареста) Матюшенко далее нарисовал план происходивших на баке «Потемкина» событий, который достаточно хорошо известен и принимается всеми историками без малейших оговорок. На самом деле момент смертельного ранения Вакуленчука весьма темен. И самое странное в нем именно то, что убийство Вакуленчука видел только один человек, и им оказался из девятисот человек команды именно его главный оппонент Матюшенко! Не потому ли именно и был после расправы с Вакуленчуком сразу же расстрелян Гиляровский? Ведь останься старший офицер в живых, он вполне мог бы доказать, что не стрелял в матроса, а кроме этого, назвать имя настоящего убийцы.
Не меньшее подозрение вызывает и место расправы с Вакуленчуком. Основные события восстания происходили, как известно, на баке броненосца, где было собрана вся команда корабля, за исключением одной смены машинной команды, находившейся, по вполне понятным причинам, в низах. Это не меньше семисот человек, сгрудившихся на палубе шириной в двадцать и длиной в тридцать — сорок метров! Если Вакуленчук призывал матросов идти есть борщ, то он должен бы был находиться среди этих матросов, где убить его незаметно было практически невозможно. Но он почему-то оказывается в одиночестве. Вакуленчука убивают в укромном закутке за носовой орудийной башней главного калибра, там, где, согласно официальной версии, кроме него и старшего офицера, в тот момент никого не было. Но для чего надо было Вакуленчуку, призывая команду послушать офицеров, прятаться за орудийной башней? Кому он там кричал: самому себе или Гиляровскому? Официальное объяснение, что Вакуленчук, мол, кинулся вдогонку за убегавшим от него Гиляровским и, таким образом, оказался за башней, не выдерживает критики. Если мятеж уже начался, то команда не стояла в строю, а артиллерийская башня не столь уж и велика, чтобы за ней можно было спрятаться от бегающих по палубе матросов. Но совсем другое дело, если на момент выстрела в Вакуленчука команда стояла в строю. Тогда действительно никто не мог видеть, что делается за носовой башней. Но если команда еще стояла в строю, значит, на тот момент она еще не бунтовала.
Здесь возможны как минимум два сценария развития событий. Во-первых, Гиляровский, видя, что восстание, несмотря на все его усилия, вот-вот может начаться, отозвал за башню Вакуленчука (которого знал, как неформального лидера матросов), чтобы обсудить с ним претензии команды, и, пока командир корабля успокаивает команду, выработать сообща некое компромиссное решение. Подобный поворот событий, разумеется, абсолютно не мог устраивать Матюшенко, а потому он, выхватив из рук караульного матроса винтовку, кинулся вслед за Гиляровским и Вакуленчуком за башню, где и застрелил обоих. При этом он решал сразу две задачи: прежде всего, избавился от Вакуленчука, а убийством Гиляровского спровоцировал последующую расправу с офицерами. Это тоже была часть плана, так как убийство офицеров полностью исключало возможное покаяние команды перед властями в дальнейшем. Во-вторых, Матюшенко и его сторонники просто-напросто могли под каким-то предлогом отвести Вакуленчука за башню и там его просто расстрелять. Он был политическим соперником Матюшенко, а момент для устранения был самый подходящий. Выстрелы, разумеется, тут же приписали офицерам, после чего и последовала расправа, а уж затем задним числом убийство Вакуленчука было приписано наиболее нелюбимому командой, в силу его должности, Гиляровскому.
Есть в истории с Вакуленчуком еще один весьма темный момент. В официальной версии убийства это выглядит следующим образом. После того как Гиляровский якобы выстрелил в Вакуленчука и смертельно его ранил, тот из последних сил пополз на правый борт броненосца и вывалился там за борт. Падающее тело заметили матросы, находившиеся в тот момент на стоящей под выстрелом шлюпке. Они быстро подняли тонущее тело Вакуленчука, который к этому моменту был без сознания.