В это сложное время скончался Симеон Полоцкий, завещав «единомудрому себе в науках Сильвестру Медведеву, ученику своему» собрание рукописей, библиотеку и миссию борьбы за просвещение России. Медведев с честью принял на себя обязанности Полоцкого как придворного поэта, настоятеля Заиконоспасского монастыря, передового бойца с «мраком невежества». При поддержке царя Федора Алексеевича Сильвестр смог вновь открыть училище в Заиконоспасском монастыре, уже не для четырех, как при Симеоне, а для нескольких десятков учеников – исходную базу для будущего университета. Просвещенный монарх настолько близко сошелся с ректором славяно-латинского училища, что даже писал ему собственноручные записки (дело по тем временам невиданное). Зимой 1682 года царь Федор сделал еще более решительный шаг, утвердив своей подписью подготовленный Сильвестром Медведевым документ об основных принципах организации и деятельности первого московского университета.
Привилей (документ о принципах организации) Московской Академии до настоящего времени является замечательным памятником борцам за просвещение России в XVII столетии. Ряд заложенных в нем идей и сейчас сохраняет актуальность. Первое высшее учебное заведение России должно было быть максимально автономным, независимым ни от каких соображений и требований, кроме научных и просветительных. Помимо дотаций из казны Академия имела собственные источники доходов (земли, монастыри, пожертвования). Она управлялась выборным ученым советом, избиравшим из своей среды ректора и самостоятельно определявшим учебную программу. Совет без участия церковных властей решал, является ли какое-то положение или направление еретическим, а если является – в какой форме ему противостоять. Не менее серьезно наука защищалась и от светских властей. Студента нельзя было не то что забрать в армию (или еще куда-либо), но даже судить: суд осуществлял академический совет. В случае тягчайшего уголовного обвинения лишь совет мог разрешить арест студента. Студента из податных сословий (крестьянина или горожанина) нельзя было преследовать за долги или недоимки, так как это могло помешать учению! Содержались студенты на средства Академии.
Целью Академии были подготовка просвещенных деятелей русского государства и церкви и развитие национальной науки. Врата Академии распахивались перед представителями всех сословий и национальностей Российского государства без ограничений. Правда, прием на службу иностранных преподавателей ограничивался вероисповедными соображениями. Всем им становились доступны любые факультеты и царская библиотека. Особое внимание Медведев уделил правам выпускников Академии, закрепляя за ней важное место в государственной системе.
Согласно утвержденному царем Федором Привилею, все выпускники Академии, избравшие светскую карьеру, независимо от их происхождения, будут «милостиво пожалованы в приличные чины их разуму». Диплом выпускника Академии должен был стать пропуском к высокому государственному положению. Более того, царь обещал не жаловать придворных чинов (стольников, стряпчих и т. п.) никому, кроме юношей знатнейших фамилий, выпускников Академии и лиц, совершивших выдающиеся военные подвиги. Независимость Академии от Патриаршего престола влекла за собой некоторую сомнительность будущего положения выпускников, стремящихся проявить себя на духовном поприще, тем более что позиция Медведева в вопросах просвещения резко расходилась с позицией главного «мудроборца» патриарха Иоакима Савелова, печально прославившегося кострами для «еретиков», преследованием передовой мысли и неуемным властолюбием.
«Мудроборцы» утверждали, что «вся славянин по природе народа своего омерзается от учения и художества немецкого» (то есть иностранного). Медведев видел в этом клевету на славянские народы. Он отнюдь не приветствовал бездумное заимствование чужой моды, нравов, обычаев, ведущее к расточительству и даже разорению государств. Сильвестр признавал необходимость защиты православия от «повреждений» со стороны католической и протестантской пропаганды, сам выступал против назначения в университет преподавателей, чья вера была сомнительной. Но против идеи культурного и научного изоляционизма просветитель боролся бескомпромиссно.
Согласно Привилею, в учебную программу университета обязательно включались славянский, латинский и греческий языки, все основные гражданские и духовные науки, начиная от грамматики, поэтики, риторики, математики, астрономии, геометрии, диалектики, логики – до метафизики, этики и богословия. По примеру других университетов Европы в Москве должны были изучаться светская и церковная юриспруденция, медицина «и прочие все свободные науки, ими же целость Академии… составляется».