Год за годом над могучими каменными сводами кельи Никанора грохотали пушки, звонко хлопали крепостные пищали, трещали мушкеты. Временами чугунные ядра с противным скрежетом рикошетили о серые камни укреплений, а монастырские службы вздрагивали от разрывов многопудовых бомб. Год за годом стонали раненые в лазаретах, а противники копали каменистую землю Соловков под могилы убитых. С нарастающим упорством царские войска стремились искоренить гнездо вольности на далекой окраине Руси. Все новые орудия, порох и солдаты доставлялись к берегам Белого моря и перевозились на остров, чтобы с наступлением льдов бесславно возвращаться на материк. 725 стрельцов привел к монастырю новый воевода московский сотник Клементий Иевлев, сменивший незадачливого воеводу Волохова в августе 1672 года. Блокировав Соловецкий остров с моря, он совершил несколько набегов, пожег остававшиеся за стенами крепости службы и перерезал монастырский скот. В июне следующего года Иевлев продолжил свою разорительную деятельность, стремясь плотно осадить монастырь и с суши.
Недолго царь Алексей Михайлович воздерживался от приказа палить по святой обители из пушек, но продолжал слать осажденным грамоты с угрозами быть «от него, великого государя, без милости и пощады». В ответ со стен гремели монастырские орудия и отважные командиры восставших вели свои отряды на вылазки, разрушая укрепления, которыми Иевлев хотел пресечь сообщения монастыря с островом и берегом. Мужество восставших производило немалое впечатление на карательное войско. Уже 27 июня 1673 года сотня двинских стрельцов отказалась идти на вылазку под стены обители. Энергичные меры воеводы, велевшего арестовать двух пятидесятников и еще нескольких «смутьянов», обернулись против него самого. Двинские стрельцы отбили арестованных, сам Иевлев едва избежал расправы. В челобитной на имя царя стрельцы обвиняли воеводу, что тот посылал их на верную смерть, а Иевлев просил государя освободить его от командования.
Никанор знал, сколь тяжелое впечатление в правительстве произвел бесславный конец миссии еще одного воеводы. 5 сентября 1673 года командующим карательной экспедицией был назначен известный своей бестрепетностью Иван Алексеевич Мещеринов. Особое внимание царское правительство уделило подбору командиров отрядов. Ими стали опытные военные майор Иван Березников, ротмистр Иван Порошин и поручик Оксен Сипягин, способные обучить стрельцов современным методам военных действий. Все трое, однако, под разными предлогами не явились к месту службы – мало кого привлекали лавры разорителей одной из величайших российских святынь. По размышлении, дело было поручено иноземцам майору Степану Келину и ротмистру Гавриле Бушу – умелым «городоемцам», знакомым к тому же с укреплениями Соловецкого монастыря. Новую экспедицию пополнили людьми, в изобилии снабжали порохом, пушками и гаубицами, ядрами и бомбами, продовольственными запасами, подводами и судами.
Не теряли времени и осажденные. Они собирали грибы и ягоды, ловили в море и по озерам рыбу, запасались дровами. Осенью, несмотря на плотную блокаду монастырских промыслов и острова, команда Логина с товарищами из Кеми закупила в Мезени и доставила в монастырь 155 аршин сукна, 1400 аршин холста, на 18 рублей кож, 416 штук овчин и мерлушек, 16 пудов семги и 144 пуда коровьего масла. Сумские корабельщики провезли сквозь блокаду 45 пудов трески, кемские мореходы доставили 30 пудов масла, 33 аршина полотна и 24 аршина сукна. Труднее всего становилось со свежими продуктами и зеленью.
За зиму осажденные укрепили свои позиции на острове. Не жалея рук, они вырубили весь лес вокруг пристани, чтобы неприятельские корабли находились в зоне прямого обстрела тяжелых крепостных пушек. На низком участке стены между Никольскими воротами и Квасоваренной башней осажденные сломали кирпичные зубцы и нарастили стену деревянными срубами вровень с другими укреплениями. Низкую Квасоваренную башню также надстроили, а на Сушильной палате устроили орудийные батареи. Под Никольской башней снаружи, на пути главных атак неприятеля, опытные воины вырыли окопы и земляные валы с пушками за амбразурами. Во многих местах подходы к укреплениям были усилены волчьими ямами и железными зубьями.
Высадившись 4 июня 1674 года на острове, воевода Мещеринов сразу показал, что война пошла всерьез. В отличие от предшественников Мещеринову и его командирам были даны строгие царские указы воевать с «мятежниками» неотступно и неоплошно, чтобы военными средствами «тех раскольников мятеж искоренить вскоре». Убедившись в полном разгроме крестьянской войны под предводительством Степана Разина, Алексей Михайлович готов был залить кровью последний оплот народного сопротивления своей абсолютной власти.