Никон ответил жёстко. Иван Неронов был сослан, Логгина и Даниила расстригли и сослали. Аввакум, отстраненный от службы в церкви, проповедовал «в сушиле» (в сарае) и призывал не подчиняться указам Никона. Его заковали в цепи и бросили в монастырский подвал. Никон хотел расстричь Аввакума, но заступился Алексей Михайлович, лично знавший протопопа. Аввакума с семьей отправили в Сибирь. Пострадали и менее известные противники новогреческого богослужения. Весной 1654 г. Никон созвал общерусский церковный собор. В присутствии царя патриарх перечислил отступления в русских церковных обрядах от греческой литургии. Члены собора утвердили предложенные Никоном изменения в богослужении. Лишь коломенский епископ Павел отказался утвердить предложения Никона. Он был сослан и вскоре умер.
На соборе 1654 г. Никон не решился заменить двуперстие на троеперстие и ввести сугубую, а не трегубую аллилуйю (произносить «аллилуйя» дважды, а не трижды). За поддержкой он обратился к Восточным патриархам. В 1655 г. пришел ответ из Константинополя от патриарха Паисия, его митрополитов и епископов. Паисий писал, что единство Церкви не повреждается различием в обряде и может нарушиться только через ересь. Хотя у греков принято троеперстие, патриарх допускал, что «при том же значении можно слагать персты и иначе». Послание Паисия не устроило Никона, и он предпочел советы прибывшего в Москву Антиохийского патриарха Макария, заявившего, что крестящиеся двуперстно подражают армянам, т.е. еретикам-монофизитам. Макарий проклял тех, кто крестится двумя перстами, а находившиеся в Москве восточные иерархи осудили двуперстие как армянскую ересь. В апреле 1656 г. Никон созвал церковный собор, отлучивший от церкви сторонников двуперстия.
Ломка вековых обрядов богослужения потрясла русское общество. Значительная часть народа, духовенства, даже бояр, выступила против нововведений. Под руководством ревнителей благочестия началось открытое неприятие новых обрядов — назревал религиозный раскол. Огромная доля вины здесь лежит на Алексее Михайловиче, но царь оставался за спиной патриарха и ненависть противников новшеств обрушилась на Никона. Впрочем, он её заслужил бестактностью, жестокостью и оскорблением чувств верующих. Во время богослужения снял с себя русский клубок и одел греческий, повелел клиру облечься в греческие одежды, даже завел греческую кухню. Не выучил только греческий язык. Об обращении Никона с несогласными Ключевский пишет: « Оборвать, обругать, проклясть, избить неугодного человека — таковы были обычные приёмы его властного пастырства». Дерзнувший перечить епископ коломенский Павел был предан «лютому биению» и сослан, в ссылке сошел с ума и умер.
Никон выступил и против икон «франкского письма», написанных под влиянием европейской живописи. В 1654 г. он велел собрать их по домам. На собранных образах патриарх велел выколоть глаза и приказал носить иконы по городу и кричать, что та же участь постигнет тех, кто будет их писать. Вскоре началась моровая язва и случилось солнечное затмение. Народ был уверен, что виной всему — богохульство Никона. В 1655 г., после службы в Успенском соборе, Никон в присутствии царя и при огромном стечении народа предал анафеме новые иконы и отлучил от церкви изготовителей и всех, кто держит иконы дома. На глазах у народа он брал осужденные образа и разбивал об железный пол. Затем приказал сжечь. Царь стоял с открытою головою и почтительно слушал. Но затем приблизился к патриарху и тихо сказал: «Нет, батюшка, не вели их жечь, а прикажи лучше зарыть в землю». Так и было сделано.
Постепенно отношение царя к Никону стало охладевать. Алексей Михайлович повзрослел, и ему уже казалась непомерной власть, которой он наделил Никона. Ведь царь разрешил Никону именоваться и сам его именовал «Великим Государем». Прежде так именовался патриарх Филарет Никитич, и то на правах отца и соправителя царя Михаила. Между тем подобная традиция в Московском государстве отсутствовала: никогда (за исключением Филарета) Отцы Церкви не управляли страной и не стремились возвыситься вровень с великим князем или царем. Никон же поучал царя в делах государственных. Скорее всего Алексей Михайлович, привязчивый к друзьям, остался бы его покровителем, но вмешались бояре, ненавидевшие мужика-выскочку. Всё же дело не шло дальше отдаления царя от прежнего любимца. Не выдержала бурная, не терпящая полутонов натура Никона.