Были схвачены Вавила и другие вожди. Воспитанника Сорбонны Вавилу сожгли по его же рецепту (благодаря Вавиле европейские костры запылали в России). Нескольких старцев казнили без мучительства. Остальных допросили и отпустили. По наущению самозваного митрополита Газского Паисия Лигарида (тайного униата и агента Ватикана) Алексей Михайлович пригласил восточных патриархов в Москву для разбора дела Никона. Патриархи-греки были озадачены — грекофил Никон вызывал у них сочувствие. Согласились приехать самые алчные патриархи — александрийский и антиохийский, а константинопольский и иерусалимский нашли отговорки, чтобы избежать участия в суде над Никоном.
Соборы 1666 и 1666—1667 гг.
29 апреля 1666 г. царь созвал собор, начав его без греков. Чтобы добиться единогласия, царь предложил архиереям письменно ответить на три вопроса: являются ли греческие патриархи православными; считать ли праведными греческие духовные книги; считать ли правильными решения собора 1654 г. о пересмотре книг и богослужения. Архиереи дали положительный ответ на все три вопроса. Без греческих патриархов судить Никона не решились и занялись старообрядцами. В Москву привезли из ссылки главных противников церковной реформы, в том числе Аввакума, — всего 18 человек. Царь поставил задачу убедить упрямцев, склонить к принятию нового богослужения. Убеждали «с ласканиями», хотя беседы с Аввакумом кончались руганью.Мягкая дипломатия принесла плоды — почти все несогласные покаялись и были разосланы «под начало» по монастырям. Только трое — Аввакум, пои Никита Добрынин и диакон Феодор, — отказались покориться. Их лишили сана и предали анафеме. Те в свою очередь прокляли отлучавших. Вскоре Феодор и Никита раскаялись и подписали требуемые грамоты. Не раскаялся лишь Аввакум. Он и отсутствовавший на соборе пои Лазарь оказались единственными осужденными. В июне 1666 г. отцы собора приняли обращенное к духовенству «Наставление благочиния церковного» с повелением вести богослужения только но исправленным книгам, креститься тремя перстами и молиться по-новому. Старое богослужение не осуждалось и не предавалось анафеме. «Наставление» утверждало реформу без проклятий старого. Подобный подход позволял избежать раскола, но мирный исход стал невозможен но прибытии греческих иерархов.
2 ноября 1666 г. в Москву прибыли патриархи — Макарий Антиохийский и Паисий Александрийский. Царь принял их с великой честью и одарил мехами, золотом и подарками. В Москве не знали, что глава Православной Вселенской Церкви, константинопольский патриарх Парфений, возмущенный беспринципностью обоих патриархов, добился у турецкого правительства их смещения. Посредником между патриархами и русским правительством был лжемитрополит тайный агент Ватикана Паисий Лигарид, проклятый и отлученный от церкви патриархом Нектарием Иерусалимским. Ещё один греческий иерарх, митрополит Афанасий Иконийский, находился под следствием за подделку полномочий и после собора был заточен в монастырь. Как пишет историк старообрядчества С.А. Зеньковский: «Таковы были воротилы греческой части собора, которые вызвались судить русского патриарха и русские обряды». Всего в соборе участвовало 12 иноземных архиереев и 17 русских, двое из них из Малороссии, всегда покорной греческой церкви. Под председательством греческих патриархов и при прогречески настроенном царе решения собора были предрешены.
В декабре 1666 г. собор рассмотрел дело Никона и его низложил. В январе 1667 г. русским патриархом избрали архимандрита Иоасафа, настоятеля Троице- Сергиевой обители. С апреля 1667 г. собор занялся «церковными мятежниками». Сначала перед греческими и русскими иерархами предстали покаявшиеся. Они были прощены. За ними судили четверых упорствующих во главе с Аввакумом. Уговаривали почти три месяца. О прениях можно судить но записям Аввакума в его «Житии». Протопоп пишет, что его поставили перед патриархами, «и наши все тут же, что лисы, сидели»; тогда он многое от писания говорил патриархам: «Бог отверз грешные мое уста, и посрамил их Христос!» Потом его спросили: «Что-де ты упрям? вся-де наша Палестина, — и серби, и албанасы, и волохи, и римляне, и ляхи, — все-де трема персты крестятся, один-де ты стоишь во своем упорстве».