В письмах на имя царя ревнители старины объясняли, почему никоновская реформа ложна и губительна для церкви. По их мнению, русским нечего заимствовать у греков, ибо русское благочестие истинное, а греки его утеряли, допустив латинские новшества. Старообрядцы превосходно знали русскую духовную литературу, но имели самое общее представление о сложной истории византийской церкви и канонов её богослужения. Они не отделяли обряды от вероучения. Не использовали и грамоту константинопольского патриарха и его митрополитов, писавших в 1655 г., что единство Церкви не повреждается различиями в обрядах. Между тем, по сути, они были правы — Русь при св. Владимире крестилась по признанным тогда в Византии церковным канонам. Были они правы и с позиций интересов русской церкви: признание ошибочности русского богослужения наносило удар по идее Святой Руси и Москвы — Третьего Рима. Химера господства над православным миром заслонила Алексею Михайловичу реальность утраты ведущего положения Русской церкви.
«Боголюбцы» оказались не единственными противниками реформ Никона. После его ухода с кафедры некоторые иерархи выступили против него, уже не боясь последствий. Вятский архиепископ Александр написал трактат против никоновских книжных исправлений. Он же от лица архиереев написал челобитную царю «Обличение па Никона патриарха». Против нововведений в богослужении было настроено рядовое духовенство и простой народ. Казалось, должны сбыться слова Ивана Неронова, сказанные ещё всесильному патриарху Никону: «что ты един де затеваешь, то дело некрепко; по тебе иной патриарх будет, всё твое дело переделывать будет»; казалось, должно было вернуться старое богослужение. Но этого не произошло, и решающим препятствием стал Алексей Михайлович, истинный вдохновитель церковной реформы.
Восемь лет в России не было действующего патриарха. Пришлось Алексею Михайловичу самому заняться церковными делами. Царю предстояло решить две задачи — удалить с патриаршества Никона, заменив новым патриархом, и умиротворить недовольных реформой богослужения. Смена патриарха, главная забота царя, вполне удалась. Замирение сторонников старого обряда, казавшееся царю делом менее сложным, закончилось расколом, казнями и тысячами самосожженцев. Алексей Михайлович хотел действовать без жестокостей, но непонимание своего народа и преклонение перед греческой (и киевской) ученостью привели его к ошибкам, стбящим по последствиям злодеяний тирана. Впрочем, начало умиротворения староверов не предвещало трагедии.
В 1664—1665 гг. были возвращены в Москву из ссылки протопоп Аввакум, поп Лазарь и другие боголюбцы. Царь желал договориться с ними на условиях принятия новых обрядов. Аввакума звали в духовники царя и выдали ему много денег. Царь хотел склонить его хотя бы к частичному компромиссу, но Аввакум был непреклонен. Сильный проповедник, он собрал вокруг себя многочисленных почитателей, в их числе боярыню Феодосию Морозову и её сестру княгиню Евдокию Урусову. Сторону Аввакума держали и московские юродивые, вручавшие царю его послания. К середине 1660-х гг. русские люди находились в смятении. Одни не знали, как молиться. Другие отстаивали старую веру. Монахи Соловецкого монастыря ещё в 1658 г. постановили новых книг «не принята и по них не служити и веры им не няти». Многие ожидали прихода Антихриста в 1666 г.
Учёные старцы разъясняли, что 1000 лет по Р. X. от церкви отпал Рим, прошло 600 лет и униаты в Бресте подчинились папе, ещё через 60 лет Никон порушил русскую веру, а ещё через шесть лет должен прийти князь тьмы, ведь 666 — число зверя. Желающие спасти души от антихриста-зверя уходили в леса. На огромном пространстве от Волги до Белого моря множились скиты «лесных старцев», монахов и монахинь и всякого люда, спасающихся от Антихриста. «Лесные старцы»: Вавила — бывший студент Сорбонны, Леонид, Василий Волосатый, — проповедовали полный голодный пост. Под их началом сотни людей, запершись в избах, уморили себя голодом. Проповедники-изуверы придумали быстрый способ спасения души — огненную смерть. Из Нижегородского уезда сообщали, что «чернецы, когда пришли стрельцы, запершись в кельях зажгли их и сгорели». В Вологодском уезде сожгли себя 20 человек мужского и женского полу. Нестроение нарастало, и царь понимал, что нужно действовать.
Аввакум был арестован и сослан на север в Мезень. Царские войска прочесали леса к востоку и северу от Москвы и за Волгой. Главные убежища «лесных старцев» были разгромлены и сожжены.