С начала 1918 года в Баку наметилось и столкновение интересов интернационального по составу Бакинского Совета, возглавляемого соратником В. И. Ленина армянином С. Г. Шаумяном, поддержанного находившимися в городе нескольким тысячами армянских национальных войск, с мусаватистами и 1-й дивизией формировавшегося ранее мусульманского корпуса.
31 марта 1918 года состоялись новые выборы в руководство Центрокаспия. Всего было избрано на этот раз уже 12 матросов и офицеров: по два представителя от кораблей «Карс», «Ардаган» и «Геок-Тепе» и школы морской авиации и по одному представителю от плавучих средств, радиотелеграфа и судов «Астрабад» и «Центрокаспий». Тогда же Центрокаспий признал намерения большевиков заключить сепаратный мир с Германией преступным и объявил, что отныне не признает советскую власть. При этом за непризнание советской власти проголосовали на митингах подавляющее большинство матросов флотилии. Однако затем матросы несколько уменьшили пыл. Последующая волна советизации, конечно, затронула и флотилию, в чем большую роль сыграли и бакинские большевики во главе с С. Г. Шаумяном, но в целом настороженное отношение к советской власти у матросов сохранялось. Дело в том, что местные большевики на флотилии авторитетом не пользовались, так как почти все являлись представителями кавказских национальностей. Матросы же, в своем подавляющем большинстве, будучи русскими, кавказцев авторитетами для себя не считали.
После подписания Брестского мира в Каспийской флотилии начался массовый исход домой матросов старших возрастов. По планам Наркомата по морским делам флотилия подлежала ликвидации в связи с общим процессом демобилизации. При этом первый нарком по морским делам П. Е. Дыбенко, не понимая каспийской специфики, торопился процесс ликвидации флотилии ускорить. Чтобы доукомплектовать команды, флотилия была пополнена добровольцами, большинство которых были бакинские обыватели, привлеченные главным образом обмундированием, пайком и безопасностью службы, протекавшей в гавани и у набережной Баилова мыса. Большевиков среди матросов во флотилии почти не было. Наибольшим авторитетом у матросов пользовались меньшевики и левые эсеры. Определенное влияние было и у анархистов (а куда революционным матросам без них!).
Помимо всего прочего, каспийцы находилась еще и в бедственном финансовом положении, так как деньги, выделенные флотилии еще Временным правительством, до адресата так и не дошли. Просьбы в Совнарком о финансовой помощи так же остались без ответа – у большевиков просто не было денег. Для того чтобы как-то жить, Центральный комитет Каспийской флотилии вынужден был продать с аукциона пароход «Генерал Куропаткин», однако вырученных денег хватило ненадолго, и Центрокаспий вынужден был прибегать к займам у частных лиц.
В конце марта произошел так называемый «мусаватистский мятеж», сопровождавшийся кровопролитной взаимной резней армян и азербайджанцев. В советское время историки неопределенно писали, что во время погромов в Баку в марте 1918 года матросы флотилии силой оружия сами остановили резню. В реальности все было совсем иначе…
Как ни прискорбно говорить, но мятеж и резня были спровоцированы именно матросами, которые, не считаясь с накаленной обстановкой в городе, силой разоружили в порту несколько офицеров мусульманской Дикой дивизии. Это вызвало волнения в дивизии и мусульманских кварталах. Представители дивизии явились в район базирования и проживания моряков Баилов, требуя вернуть оружие. Матросы отказались. Офицеры настаивали. Все еще можно было бы решить миром, но матросы открыли огонь из корабельных орудий по мусульманским кварталам. Одновременно помочь матросам «навести порядок» в городе решили и армянские боевики-дашнаковцы. Это и спровоцировало трехдневные погромы и уличные бои. На протяжении всех трех дней матросы вели артиллерийский огонь как по штабу Дикой дивизии, так и по мусульманским кварталам и мечетям, в том числе и по знаменитой Девичьей башне. Согласно докладу Шаумяна в Москву, который отвез секретарь Центрокаспия матрос В. И. Бойцов, в мартовских боях с обеих сторон участвовало более 20 тысяч человек, из которых более 3 тысяч погибло. Но и это не все – погромы перекинулись на провинцию. Всего было вырезано около 10 тысяч мусульман. Немало погибло и армян, так как ожесточение было взаимным. Справедливости ради следует отметить, что в расположении флотилии нашли свое спасение много азербайджанских женщин и детей.
Что касается Шаумяна, то он цинично оценивал результаты резни как… «блестящие для нас». В принципе, после «победы» армян, власть большевиков и левых эсеров в Баку действительно окрепла. Однако негативные последствия заключались в том, что мусульмане Баку полностью отвернулись от советской власти. Теперь все симпатии азербайджанцев были на стороне продвигавшихся к Баку турок. Кроме этого, мусульмане Дагестана в отместку перекрыли пути снабжения хлебом Баку из Кубани и Ставрополья, что сразу создало острую продовольственную проблему в городе.