Разумеется, бакинские большевики прекрасно понимали, что в предстоящей борьбе с многочисленными врагами все будет зависеть в первую очередь от того, на чьей стороне окажутся матросы. Поэтому на заседании исполкома Бакинского Совета 8 марта было принято решение о реорганизации и усилении флотилии и о передаче ее в политическом отношении в ведение Бакинского Совета. Для преобразования флотилии была создана специальная комиссия под председательством С. Г. Шаумяна. В конце марта была проведена реорганизация Центрокаспия, избран новый состав. Центрокаспий и судовые комитеты должны были действовать в полном согласии с исполкомом Бакинского Совета. Но из этой затеи ничего не получилось. Новый состав Центрокаспия отказался от полного подчинения большевикам и начал проводить ту же политическую линию, что и предыдущий.
Между тем в связи с ухудшением военно-политической обстановки в Каспийском регионе матросы требовали от большевиков немедленного усиления своей немногочисленной флотилии. По этой причине Центрокаспий буквально засыпал Московский наркомат по военно-морским делам телеграммами с просьбами о немедленном усилении боевого состава флотилии. Телеграмма от 30 марта 1918 года: «Оперативный отдел штаба Каспийской флотилии просит Морской комиссариат, – ввиду переживаемого крайне тревожного момента и грозящих революции опасности со стороны контрреволюционных элементов в Закавказье, а также для охраны нефтяных и рыбных промыслов Каспийского моря, – усилить существующий состав Каспийской флотилии тремя миноносцами улучшенного типа «Сокол». Кроме того, необходимо прислать новые орудия и патроны к ним, согласно прилагаемому списку (6 орудий 120-мм, 14 орудий 75-мм, 7 пулеметов, и боеприпасы к ним) – взамен частью снятых и отправленных в Черноморский флот, частью же пришедших в совершенную негодность».
В апреле 1918 года флотилия провела десантную операцию по захвату Дербента: «От канонерки «Карс». Дербент сдался без боя. Создан временный Военно-революционный комитет из 5 лиц… Город объявлен на военном положении. Наши условия приняты. Все оружие сдается городом в особую комиссию при ВРК. Население приняло хорошо. Просим назначить комиссара. Ждем срочного распоряжения. Председатель Г. Стуруа. Комиссар «Карса» и член ВРК Елов».
Донесение члена Коллегии Народного комиссариата по морским делам С. Е. Сакса в комиссариат по морским делам от 15 мая 1918 года: «Меры по отсылке орудий в Каспий приняты самые энергичные. Непосредственным исполнителем моих распоряжений является Полухин, который следит за всем и докладывает мне. Люди для подыскания транспортов в Астрахань отправлены из Москвы. Там они подыщут и подготовят транспорты ко времени прибытия туда орудий, что будет исполнено через 2–3 недели. Затем вооружение для «Карса» и «Ардагана» грузится и непосредственным по этому делу эмиссаром от меня является Терморуков. Как первый, так и второй во всех отношениях отвечают назначению и оба зачислены приказом при Коллегии чрезвычайными эмиссарами. В ближайшее время им придется выполнить еще много поручений… Сакс».
Телеграмма из комиссариата по морским делам С. Е. Саксу о принятии чрезвычайных мер для усиления Каспийской военной флотилии: «Ввиду грозной опасности, которой подвергается Баку, необходимо приложить все усилия к ускорению работ по оборудованию Каспийской флотилии. Не нужно щадить ни сил, ни средств. Вы уполномочиваетесь приглашать специалистов и вообще работников по чрезвычайным нормам. Вы обязуетесь неуклонно наблюдать за тем, чтобы работы производились с наивысшей точностью. О ходе работ докладывать ежедневно».
Телеграмма из Наркомата по морским делам С. Е. Саксу от 3 июня 1918 года: «Продолжая возложенную на вас задачу вооружения Каспийской флотилии, вместе с тем предложите командованию флота в трехдневный срок разработать план перевода мелких судов из Балтики в Каспий и обяжите командование предоставить в этот срок список судов, способных совершить такой переход. Раскольников».