25 апреля 1918 года власть в Баку окончательно перешла в руки большевиков. Был сформирован Совет народных комиссаров Бакинской коммуны во главе с С. Г. Шаумяном. Нарком по военно-морским делам Бакинского Совнаркома был назначен Г. Н. Корганов (Корганян). Каспийский наркомвоенмор родился в Тифлисе, окончил Московский университет, воевал прапорщиком на Кавказском фронте, состоял в партии большевиков. С декабря 1917 года председатель ВРК Кавказской армии, с марта 1918 года член Комитета революционной обороны Баку и с апреля 1918 года нарком по военно-морским делам. Не будучи сам моряком, в военно-морских делах он разбирался слабо и авторитетом среди офицеров и матросов флотилии, разумеется, не пользовался.
В апреле 1918 года, после очередных перевыборов, в новом составе Центрокаспия из 12 членов пятеро являлись большевиками, во главе с председателем Центрокаспия матросом-большевиком А. Р. Кузьминским. Остальные семь матросов являлись левыми эсерами и анархистами.
В целом, несмотря на недовольство матросов ленинским Брестским миром с немцами, в апреле-мае 1918 года флотилия поддерживала партию большевиков. Разумеется, такая ситуация устраивала далеко не всех. И 30 мая эсерами и меньшевиками была предпринята достаточно неуклюжая попытка рассорить матросов с большевиками. Для этого по городу было распространено сообщение о том, что матросы флотилии собирают митинг всех воинских частей и рабочих бакинских заводов для обсуждения текущего момента и смены власти в городе. Извещение было подписано вымышленными именами председателя судового комитета канонерской лодки «Ардаган» Аникина и секретаря комитета Игнатова, которых в составе экипажа лодки «Ардаган» не было.
Первыми возмутились этой провокацией матросы с канонерской лодки «Ардаган». В своем воззвании они поспешили заверить городскую общественность и членов Бакинской коммуны, что твердо стоят на позициях советской власти и большевиков: «Комитет утверждает, что данные повестки являются провокационными. Ни комитет, ни команда канонерской лодки «Ардаган» до последнего момента ничего не знали о митинге. Председателя Аникина и секретаря Игнатова на «Ардагане» не существует. Ясно, что контрреволюционные силы вновь стараются применить прежний способ, применявшийся ими перед гражданской войной. Товарищи рабочие и красноармейцы! Не поддавайтесь хитрым уловкам контрреволюционеров. Мы, ардаганцы, стоим на страже интересов завоеваний Октябрьской революции. Пусть это подпольное шипение змеи послужит цементом для большего объединения. Товарищи рабочие и красноармейцы, тесными рядами, рука об руку по пути Интернационала, мы, моряки, идем всегда с вами. Да здравствует социальная революция, да здравствует Бакинский Совет Народных Комиссаров, да здравствует Рабоче-крестьянское правительство! Комитет канонерской лодки «Ардаган». Резолюцию «Ардагана» полностью поддержали остальные корабли и суда флотилии.
Ужас азербайджанской резни вызвал у большинства матросов вполне понятное желание уйти в Астрахань, там бросить суда и разойтись по домам. Однако офицеры, считавшие, что флотилия своим уходом будет способствовать утверждению в Баку советской власти и дальнейшему продвижению германо-турецких войск на Кавказе, все же уговорили матросов повременить с уходом.
В свою очередь, в Совнаркоме также понимали, что только от позиции матросов будет зависеть, удержится ли советская власть в Баку или нет. Для этого следовало попробовать переагитировать каспийцев на свою сторону, а если это не удастся, то просто расформировать флотилию и разогнать местную братву, от которой теперь центральной власти было больше вреда, чем пользы. При этом предполагалось, под видом объединения Астраханской и Каспийской флотилий все боевые корабли перевести из Баку в Астрахань. С этой целью в Баку в срочном порядке был отправлен матрос Пендюрин, назначенный «особым комиссаром по ликвидации Каспийской военной флотилии». Однако Пендюрин оказался не готов к решению серьезных вопросов. Поэтому вскоре вслед за ним в Баку с эшелоном балтийских матросов были направлены матросы-большевики В. Ф. Полухин и Э. А. Берг, являвшиеся весьма опытными организаторами и авторитетными матросскими лидерами. В. Ф. Полухин при этом был назначен главным комиссаром Каспийской флотилии, а Э. А. Берг – его помощником.