В начале июня руководство Бакинской коммуны предприняло шаг к созданию собственного матросского отряда, независимого от Каспийской флотилии. Из декрета Бакинского Совнаркома о мобилизации военных моряков, проживающих в Бакинской губернии и создании морского батальона: «В целях пополнения судов, береговых сооружений и учреждений КВФ и создания морского батальона исключительно из военных моряков, Центральный комитет Каспийской военной флотилии в заседании своем… постановил: Объявляется обязательная мобилизация моряков, проживающих в пределах Бакинской губернии, сроков службы с 1900 по 1917 г. включительно. На основании чего бывшие военные моряки, матросы, чиновники и офицеры всех специальностей сроков службы 1900–1917 годов обязаны явиться в помещение бывшей флотской роты (Баилов, около военного порта) для поступления на службу в флот… Пред. Бакинского СНК и чрезвычайный комиссар по делам Кавказа С. Шаумян, Тов. Нар. Ком. По военно-морским делам Б. Шеболдаев, Тов. Нар. Ком. по морским делам П. Козлов, Пред. Центрального комитета Каспийской флотилии А. Кузьминский». Однако из этой затеи ничего не вышло. Бакинские комиссары не учли матросской солидарности. Призванные матросы мгновенно прониклись взглядами судовых команд, и уже спустя несколько дней стало очевидным, что подчиняться Совнаркому напрямую они не намерены.
В июне 1918 года было принято решение об усилении Каспийской флотилии корабельным составом и о начале подготовки к отправке водной системой в Каспий четырех миноносцев типа «Сокол», «Ретивый», «Поражающий», «Прыткий» и «Прочный». Кроме этого, предполагалось дополнительно отправить на Каспийское море две подводные лодки и вооружить в Астрахани три парохода. В решении отдельно оговаривалось, что «миноносцы должны быть укомплектованы надежным личным составом».
По распоряжению главного комиссара Балтийского флота отправляемые суда должны были комплектоваться исключительно матросами, сознающими свой долг перед революцией и советской властью. Дело в том, что Минная дивизия всегда стояла в гораздо большей оппозиции к большевикам, чем все другие соединения Балтийского флота. Поэтому комиссарам флота была поставлена задача всеми правдами и неправдами списать с готовящихся для перехода на Каспий эсминцев как можно больше анархистов и левых эсеров, заменив их матросами-большевиками. И хотя полностью решить этот вопрос не удалось, все же команды отправляемых эсминцев были значительно усилены матросами-большевиками. Однако, пока шла подготовка эсминцев к переходу, ситуация в Баку кардинально изменилась, и эсминцы были перенаправлены на Волгу.
В июне – июле из Петрограда в Баку были отправлены по железной дороге и три эшелона с корабельной артиллерией, боеприпасами, вооружением и другими материалами для флотилии.
29 июня 1918 года матросы Астраханской флотилии на общем собрании выслушали предложение комиссара особых поручений при коллегии Наркомата по морским делам В. Ф. Полухина об объединении с Каспийской флотилий и поддержали его. В объединении двух флотилий большевики видели возможность подчинения себе базировавшихся на Баку кораблей и уменьшение авторитета непослушного и своевольного Центрокаспия. Для разъяснения в Центрокаспии позиции астраханцев в Баку был отправлен матрос Шабашов. В реальности никакого объединения двух флотилий в одну так и не произошло.
Вопреки расчетам московского руководства В. Ф. Полухину и Э. А. Бергу переагитировать матросов Каспийской флотилии за большевиков так и не удалось. Несмотря на весь свой опыт, авторитет, организаторские способности и красноречие, для каспийской братвы они так и остались чужаками… Прибыв в Баку, В. Ф. Полухин был потрясен негативным отношением к большевикам и к нему лично со стороны местных матросов.